一叙缘起
药师经，民国二十三年，太虚大师在宁波阿育王寺，曾讲过一次，法缘极盛，当时还记下一部很好的讲记。
我们的国家，多灾多难，特别是今年，大陆闹着空前未有的大水灾。我们来宏扬药师法门，是显得最有意义的。因为种种灾难，是由众生业力所招感，佛教本着解救众生苦难的慈悲立场，设有消灾法门，使众生消除业障，脱离灾难。本寺九月将启建药师法会，为上至元首下及军民人等祈祷，大家能消灾延寿，免难得福。所以在法会之前，先讲本经，了解得其中意义，将来大家参预法会，一方面仗三宝威力加被，一方面自己依法进修，才能真正达成消灾免难的目的──此是讲说本经的近因缘。
虚大师讲说本经时，说有三大因缘：
一、近代人类重视现生安乐。现代人类所重视的是现实的人生，要求现实生活得理想、安乐。佛法所说的乐，有三种：
1.现法乐，2.后世乐，3.究竟解脱乐。
世间众生有种种苦痛的煎迫，所以要求出苦，倾向安乐;而一般所希求的安乐，总不外乎现生乐、后世乐、或是究竟解脱乐。这因为，众生的根性各异，生活于不同的时空里，其所企求的安乐境界，也就有所不同。有的众生倾向后有乐，有的众生要求究竟解脱乐，而现代人类，则特别重视现法乐。释尊开创佛教，其基本精神，是导致众生同证究竟解脱乐，所以说佛法是出世的。
然众生的要求不同，若但说究竟解脱乐，便不能普应那乐求不同的广大众生，因此释迦佛又开示东方净土的药师法门，与西方净土的弥陀法门。一般以为药师佛是延生的，阿弥陀佛是度亡的，其实这是通俗的说法。若根据佛法的正义来说，东方药师琉璃光如来的净土法门，是适应一类众生希求的现生乐;西方阿弥陀佛的净土法门，则是适应另一类众生所希求的后世乐。但这二者，都同以此为方便，引导趣入大乘，得究竟解脱为终极。
本来，无论西方极乐世界，或是东方净琉璃世界，我们谁也不晓得，都是释迦牟尼佛告诉我们才知道的，所以这都是释尊大悲救世的善巧方便。为了引导要求现法乐的众生，即示以东方药师的净土法门;为了引导要求后世乐的众生，即示以阿弥陀佛的净土法门，两者同为圆满究竟法门所流出的妙用。
大师所以要特别倡导这药师法门，因一般佛教徒多偏重于西方的念佛法门，着重于死后的往生安乐土，每引起社会人士的误解。其实佛法是本于释尊的解脱乐，双开东西二净土，同宏现生后世乐。重现生乐的法门，事实上更适应于现代人类的根性，所以大师特为倡导，以适应现代人类，发挥佛法的大用。
二、东方净土与中国：佛说：「从此西方过十万亿佛土，有世界名曰极乐」;同时又说：从「东方去此过十殑伽沙等佛土，有世界名曰净琉璃」。释尊开示了二大法门，固然东方西方的净土，都有着真实意义，但释尊出生于印度，即就我们这小小的世界来看，也是异常适合，富有深长意义的。如印度以西的人，多倾向类似弥陀净土的思想;印度以东的人，又多类似药师净土的精神。这是说，从印度向西去，人民的宗教思想，无论回教或基督教，总是信仰一神，死后求生于天国，重于信仰及后法乐。故佛说西方净土，不但十万亿土外的极乐，印度以西的国家，如转秽为净，也是极乐净土式的，重视后生乐。自印度向东，如中国则不然，孔子说：「未知生，焉知死」。东方的文化思想，特别着重现生乐，实与药师佛的净土相近。所以此经最能适应中国人心。
三、依药师净土创建人间净土：我们对于药师法门，平时祗着重消灾延寿，而不知药师如来在过去生中，曾发菩提心，发广大愿，行大悲行，而后才成就无上佛果，成就清净光明的琉璃世界。关于这，经里说得极其详细，我们参加药师法会，应该一面祈求药师如来恩德的加被，一面依佛因地所发的大愿，所行的悲行，照着去躬行实践，以资自净化他，完成人间净土。民国二十二年，戴季陶院长，于宝华山启建药师法会，领导大众如药师佛那样发十二大愿。如能依此大愿去实行，不但个己小小灾难可以消除，就是整个国家社会甚至整个世界，也可转为庄严净土。因药师的东方净土，即是依其本愿功德而实现的。我们若能实践此一法门，那末，我们这个充满无边苦难的恶浊世界，面临危难的中华民国，不就可转成清净的净琉璃世界吗?所以我们听讲此经，应如此理解与实行，而祈求人间净土的建立。
二释经题
本经的经题，据佛说有三个名称：
1.药师琉璃光如来本愿功德;
2.十二神将饶益有情结愿神咒;
3.拔除一切业障。现在流通的本经，是以第一名称为经题。因为拔一切业障，就是药师如来本愿功德的力量;十二神将的饶益有情，也只是护持药师如来的功德法，而令有情获得此功德的法益。所以以本摄末，立名为药师琉璃光如来本愿功德经。
「药师」：现代谈到药师，祗是配药的人，而古代却不然，药师与医生的含义一样。佛法中常称佛陀为无上医王或大药师，因佛能治疗一切众生的种种疾病。经里说：人的生理上有三种病──老、病、死;心理上也有三种病──贪、瞋、痴。大觉佛陀出世救济众生，即是为了拔除众生身心的种种病患，故赞叹佛为大医王、大药师。我们不可把含有崇高意义的药师一名，视为普通的配药人。
什么是病?什么是药?病，即是由于不调和所起的现象，如经说：「一大不调，百一病生」。人的身体，某一部份不调和，即会有病，更会影响到全身的不调和。心的不调也是这样，我们心理若是有点反常现象，或是有了某种烦恼，便会牵连及全部精神的不安。如此说来，世间的病患就多了，从各个众生的身心，而扩大到家国、社会乃至整个世界，莫不病患重重。如一个家庭，若父子夫妻兄弟姊妹不调和，此一家庭就是有病;一个团体中的组织分子不调和，此一团体也即有病;再扩大言之，政治不上轨道，是国家病;人类不相调协，是世界病。有病即有苦，所以种种灾难，种种苦痛，无一不是导致于冲突不和而产生的病态。在个己方面，我们平常也许会自以为没有病，其实依佛法说：「人生无有不病时」，不过微而不觉罢了。人生从来离不了病。我们既生而为人，则必定有身有心，有五脏六腑等生理组织，而这些组织因素，时时发生矛盾，时时都在病中。不过若能使它倾向于调和，调和的成分多，身体就称为健康。从这个意义去看，世间的一切，有痛苦，有灾难，即无非是病。
众生有病，便需治之以药。世间的医药以及政治法律等，都可说是药;但在佛法中，药就是佛法──法药。唯有佛法方能疗治一切疾病。刚才说，病有身心、家庭、团体、国家、世界等不同病态;凡能够减除苦痛，使苦痛变成安乐的，都是药，因此可说世间什么都是药，处处都有药，不过我们不知，若懂得了就什么皆可治病。过去有位学医的，将要毕业的时候，医师为欲考验他的学力如何，便命他上山采药，要他见了药都采了来。结果他去了一天，仍然空手回来。医师问他何故空手而归?他说满山的树木花草，土石沙铄，样样是药;药太多了，叫我从何采起!这是说，世间一切都是药，都可以治病，问题在用药的人是否理解药性，会不会应病与药。佛法是不定法，众生有种种病，佛就用种种法药去对治，因为佛法是依众生的病而施设的，所以说众生有八万四千烦恼，佛说八万四千法门。有了什么病，就治以什么药，若拘执为这是药那不是药，那就离佛法远了。
关于药与病，已如上所说，现在再谈能知病源能应用药的人──药师。佛法说有两种药师：一为小药师，一为大药师。小药师的医术不太高明，药箱里也祗有一两样药，祗能治疗一两种病;大药师就不同，他的药箱里具备了种种药，应有尽有，而且医术高明，能深察病情，精用药物。这喻诸佛菩萨，圆具精深的智慧，宏伟的愿力，广大的悲行，有种种法门，种种的妙药，众生有什么病即能治以什么药，千变万化奇形怪状的病患，配以千差万殊的药方，皆能运用自如，从无差错;决非偏执一方一法的小药师可比。
药师治病，有标治与本治的不同，头痛治头，脚患医脚，是标治;探究病源以彻底根除病患，是本治。顶好的医治，是一面培养元气，一面预防足以致病的因素，也即是治于未然，这才是上等治法。在心理方面，如教以正当知见，信因果，信三宝;在生理健康方面，教以重视卫生，勤于运动，善自调摄。身心若预先调好，根本不会生病。如果不预先防备，而待病发之后才用药治好，已是下等治法。这虽是必需的，但到底不及前者。俗语说：「刀伤药虽好，不割更妙」。讲究治本的，是培养身心的健康，使各部平衡发展，消除疾病的因素。治家病、治国病，也如此。如病发生以后才去医治，实已迟了一着。上等药师无不标本兼治，问题还是在病人本身，如医生教他注重卫生，预防病素，他不听，结果才病倒下来。
