第一部分 释经题
佛说每一部经，都有一个经名，本经的全名为《药师琉璃光如来本愿功德经》，简称药师经。经名开宗明义地告诉我们，此经阐述的是药师如来在未成佛的本因位上，发大愿、立大志所成就的功勋德业。经名亦告诉人们，这部经是已获修行成功，已成为“药师琉璃光如来”的药师佛。《药师琉璃光如来本愿功德经》是以人法立名的。“药师琉璃光如来”是佛的名号，“本愿功德”是佛法。但此处佛的名号中的“琉璃光”是个比喻，故此经亦可看作人法喻俱足的立名。
“药师琉璃光如来”为梵文Bhaigjyaguru-vaiduraprabhasa的意译，音译为“鞭杀社窭噜辟琉璃”，也可以意译为大医王如来。世间众生生理上有老病死苦，心理上有贪痴苦，佛法不仅能解除人们生理之苦，尤能消除人们心灵之苦，所以佛是最了不起的医生，被称作大医王。能治愈人们身心一切疾患，施法药之师就叫药师。《法华经》中称为“药王”。以琉璃光为佛名，显现佛德，比喻药师佛纯粹光明、洞澈表里的智慧之光。如来，十方一切佛的十种名号通称。如是真如，《成实论》说：“如来者，乘如实道来成正觉，如曰如来”。《金刚经》说：“如来者无所从来，亦无所去，故名如来。”如来是所有成佛者的共同称谓。所以药师佛也称作药师如来。
“本愿”指药师佛成佛以前，还处于菩萨修行的本因之位时，发下的誓愿，愿力是成功的动力，在愿力作用下成就的功勋德业就叫本愿功德。本经功德是指在寺院里所做佛事，功是功力，如行六度，德是即得，本经指修行得来成绩，名为功德。菩萨发的愿分为分别愿和总愿。总愿是所有菩萨的共同誓愿，显教菩萨的总愿是四宏誓愿。即：众生无边誓愿度;烦恼无尽誓愿断;法门无量誓愿学;佛道无上誓愿成。这四个宏大无边的誓愿是菩萨行苦集灭道四谛法的共同决心和意愿。菩萨的别愿是每个菩萨独有的誓愿，如本经的药师如来十二大愿，普贤菩萨的十愿，阿弥陀佛的四十八愿等。佛所说法，由弟子结集、会诵、记录整理成文，被称为修多罗(Sutra)。为了突出佛的言教能契理契机，所以也把修多罗译为契经。《华严经疏》说：“修多罗……，古译为契经，契谓契理契机，经谓贯穿摄化，即契理合机之经，所以将记录佛的言教所成的文字篇章称作经。《药师经》在我国有五种译本：
《药师经》在我国有五种译本：
(1)《佛说灌顶拔除过罪生死得度经》又《佛说灌顶大神咒经》卷十二，是东晋?帛尸梨密多罗翻译，为最早的译本。
(2)《药师琉璃光经》一卷，是刘宋?慧简所译。
(3)《佛说药师如来本愿经》一卷，是隋?达磨笈多翻译。
(4)《药师琉璃光如来本愿功德经》一卷，唐?玄奘三藏翻译，通俗所谓《药师经》就是指这一卷。
(5)《佛说药师琉璃光七佛如来本愿功德经)二卷，唐?义净翻译，上卷述其他六佛之事，下卷述药师如来之事。
现在译成语体文是根据唐?玄奘三藏译本的流通本(印光老法师重刻本)，其中在玄奘原译本基础上增加东晋译本上八大菩萨名称，和义净译本上的神咒及其前后文二十多行。
当时释迦牟尼佛和他的弟子是印度人，所说的是梵浯，后来编集佛经，也用梵文写的;传到中国，用汉文和藏文翻译成中国文。本经是唐代玄奘三藏法师奉唐皇帝的诏命而翻译成汉文的。
三藏法师是全面精通“经藏”、”律藏”，“论藏”这三藏的法师，(藏是包藏的意思);此经、律、论三藏是佛教的经典，一般称为“大藏经”，又名“佛藏”。(如道教的经书叫“道藏”。)
玄奘三藏法师的简史：玄奘大师洛阳人，生于隋文帝开皇廿午(公元600年)，卒于唐高宗麟德元年(公元664年)，终年65岁(根据杨廷福教授考证，见《玄奘论集》第18页)。幼年聪悟，十三岁出家，廿岁受具足戒。因感众师讲经，各擅宗途，圣典亦显隐有异，莫知适从。发誓远游西方(印度)，以释众疑。乃於唐贞观二年(公元628年)私发长安，经凉州、出玉门、涉流沙辗转西行，经高昌，阿耆尼等国，度葱岭，越大雪山、遍历西域、印度诸国，前后十七年。他“遍谒众师;备飧异说”，学识渊博精诣，所以在五印度被誉为“大乘天”。将梵文佛经650多部，经中央东亚细亚东归，于贞观十九年(公元645年)正月抵长安，其时僧俗出迎者数十万众，唐太宗迎慰甚厚，诏于长安弘福寺从事翻译，大师网罗贤者，大开译场。当时长安的大慈恩寺，在玄奘法师译经的时候寺中常住七千余僧，极一时之盛。前后十九年间共译出重要经论75部，1335卷，计1300多万言，并特制《三藏圣教序》。故唐?三藏玄奘大师对我国佛教作出了不可磨灭的重大贡献。又《大唐西域记》为世界名著，这部书把他亲历的110个和传闻的28个域邦、地区、国家的山川形势、地理位置、历史沿革、风土习俗、气候物产、宗教信仰、文化语言、政治情况等作了实事求是的介绍;它涉及整个中、南亚广大地区的历史、地理，作了许多的记述。已有日、英、法文译本，是一部很有价值和影响的名著。
玄奘三藏法师是我国历史上的卓绝人物，也是世界性的历史人物，是国际上杰出的翻译家、旅行家、佛学家，亦是对中亚、南亚次大陆各国历史文化有着深远影响的历史人物。
第二部分 译经文
一般佛经经文都有三个部分，即序分、正宗分和流通分。现在即按此顺序作些注释。
一、序分
如是我闻。一时薄伽梵。游化诸国。至广严城。住乐音树下。与大比丘众八千人俱。菩萨摩诃萨三万六千。及国王大臣。婆罗门。居士。天龙八部。人非人等。无量大众。恭敬围绕。而为说法。
注释：如是我闻：是我亲自听到佛这样说表示证信。根据《智度论》卷二说：“佛入灭时，阿难问一切经首置何字?佛言‘如是我闻’等言。所以在诸经的开始，都有“如是我闻”四字，表示阿难亲自闻释迦牟尼佛所说，不是自己随便说的。
一时：指说法的时间。亦即举佛说法时以证信。意为某一时间。
薄伽梵：是梵文的音译，意译为“世尊”。
广严城：音译为毗耶离城。是印度恒河边的一个城市，在王舍城对面。
乐音树：不是真能奏音乐的树，而是其树成林，当微风吹动树枝、树叶时发出的种种自然的声音，听起来好像是在奏音乐。
与大比丘：即与会大众，道行很高的出家男众称大比丘。是梵文音译，意译为乞士。
菩萨摩诃萨：菩萨是梵文菩提萨垛的简称，意译为觉有情。是指修持大乘六度，求无上菩提(大觉)，利益众生，于未来成就佛果的修行者。
婆罗门：古印度四阶级之一。
居士：印度社会的第三阶级叫做吠舍，也就是一种自由民，其中富有的，有地位的绅士，称为居士，中国一般指在家学佛者，称为居士。
[10]天龙八部：天龙八部是八类众生的统称。他们分别是：天、龙、夜叉、乾达婆、阿修罗、迦楼罗、紧那罗、摩目候罗迦。这八类众生各有部属，所以叫八部。八部中以天、龙二部为首，所以用天、龙作八部的代表。
天，梵文Deva(提婆)或Sura(素罗)的意译，意为光明、自在、最胜。这是居于天界的一类众生，是六趣众生之 一，他们享受人间以上的胜妙果报。
龙，梵文Naga(那伽)的音译，是一类身长无足有鳞大力的众生。龙有神力能变化云雨，得一滴之水，可散六虚以为洪流，得少水可以降大雨。
夜叉，又译作药叉(Yaksa)，意译为勇健鬼，能鬼也能吃人伤人。其行动灵敏快捷，能飞腾空中，也能陆行。夜叉受持佛法，能成为佛的护法神，本经后面所讲的十二位药叉大将，都是夜叉。
乾达婆(Gandharva)，意为香神。这类众生以香为食，身体也能发出香气。诸天举行盛会时，由他们奏乐，是帝释的乐神之一。
阿修罗(Asuar)意为非天，亦称修罗，有天之福而无天之德，是一类好斗的天居众生，六道之一。其女子貌美，男子丑陋。
迦楼罗(Garuda)，意为金翅鸟。这类鸟很大，两翅相去三百三十六万里，能食龙，为佛的护法神之一。
紧那罗，亦作甄陀罗，意为“人非人”即似人而头上生角。从属于帝释，是八部中的歌神，女的多为乾达婆之妻。
摩目候罗伽(Mahoraga)意译为大蟒神，其形人身而蛇首，因多恚多妒，故受蛇首之报，也是帝释乐神之一。
[11]人非人等：指人与鬼神而言。
参与药师法会的学众既有各种各样的人，也有各部类非人众生，所以经文说：“人非人等，无量大众”。这些无量大众，恭敬地围绕着佛陀，听他宣说微妙的大法。
二、正宗分
(一)药师如来、十二大愿
尔时曼殊室利法王子，承佛威神从座而起，偏袒一肩，右膝着地。向薄伽梵，曲躬合掌，白言，世尊，惟愿演说如是相类诸佛名号，及本大愿殊胜功德，令诸闻者，业障消除，为欲利乐像法转时，诸有情故。
尔时世尊赞曼殊室利童子言：善哉!善哉!曼殊室利，汝以大悲，劝请我说诸佛名号，本愿功德。为拔业障所缠有情，利益安乐像法转时，诸有情故。汝今谛听，极善思惟，当为汝说。
曼殊室利言：唯然，愿说。我等乐闻，佛告曼殊室利，东方去此过十歹克伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光、如来、应、正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵。曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来，本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。
第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界。以三十二大丈夫相，八十随形，庄严其身，令一切有情，如我无异。
第二大愿：愿我来世得菩提时身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月，幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中，若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之。
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒，设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，酉鬼陋顽愚，盲聋痖，挛辟背偻，白癞颠狂，种种病苦，闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦。我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身，闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔 网，解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦，若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业。得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味，毕竟安乐而建立之。
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼。若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
曼殊室利，是为彼世尊药师琉璃光如来，应正等觉，行菩萨道时所发十二微妙上愿。
尔时：那时。即大众环绕世尊而听法的时候。
曼殊室利：即文殊师利菩萨，过去早已成佛，名龙种上尊王佛。
法王子：此处指文殊师利菩萨。佛说：“我为法王，于法自在”。如同国王的太子，将来要继承王业的。所以称法王子。
偏袒一肩，右膝着地：比丘平时所披的袈裟，是将两肩盖覆着的，到了将要礼佛的时候，为表示对佛致以最高的敬意，特将右肩偏袒出来，亦即露出右臂，再行将右边膝盖靠着地面下跪，面向薄伽梵，弯着腰像鞠躬似的，并 且双手合掌。这是当时印度大众集合向佛请法时，所常用的一种隆重的礼节。这里曼殊室利菩萨为利益众生，向佛诚恳地请法，故依循此礼节而行。
世尊：音译“薄伽梵”或‘婆伽婆”。对释迦牟尼佛的尊称。因为佛具万德，为世人所尊重。故名。
业障：“业”是梵文Karma的意译，意思是“造作”，泛指一切行为、言语和思想。佛教认为众生原来都具有灵明、洞澈湛寂常恒的本性，但因妄想执着，以致起惑造业，轮回六道。此妄心障覆本性，也叫无明。“障”是障碍，业即我们现在此生或过去所作的一切行为。
像法转时：佛入灭千年后，为像法时代。以佛像供养，来弘扬佛法的时期，为一千年。
有情：也称众生，指有情识的生物，包括人和一切大小动物。
曼殊室利童子：即是文殊菩萨的化身。
[10]谛听：即仔细地、认真地听。
[11]唯然：即“是的”、“好的”的意思。
[12]歹克伽沙：梵文音译，意译为印度的恒河。歹克伽沙，即以恒河的沙(无量数)比喻数量之多的意思。
[13]净琉璃世界：指在我们这个世界的东边，距离十恒河沙远的地方。亦即药师如来所住的常寂光净土、清净法界。
[14]应：即应供。佛的十种名号之一。谓应受人天之供养，故名应供。
[15]正等觉：或称正遍觉。音译为三藐三菩陀，佛的十大名号之一。
[16]明行圆满：又名明行足。佛的十大名号之一。佛依戒定慧三明万行具足圆满而得阿耨多罗三菩提，故名明行足。
[17]善逝：佛的十大名号之一。谓如实去彼岸，不再退没生死之海。“逝”，即去的意思，也就是入涅。
[18]世间解：佛的十大名号之一。“解”是解了，对于世间事理，众生苦本、苦因以及灭苦的方法、离苦的究竟处，都明达了解，称为世间解。
[19]无上士：佛的十大名号之一。“士”即士大夫。佛于天上人间，唯我独尊，为人天的导师，故称无上士。
[20]调御丈夫：佛的十大名号之一。调御如驯马师，把暴躁的烈马驯练成驯服的良马。佛教化众生，无论众生的根性如何恶劣，如何刚强难制，都能善巧调御，使他慢慢转向佛法，修学佛法而得成就。
[21]天人师：佛的十大名号之一。佛出世间，不但教化人类，也同样教化天人，是天人的教师，故称天人师。
[22]菩萨道：即菩萨所修之道。菩萨修行圆满，自他二利，自未得度先度人者，名菩萨道。
[23]阿耨多罗三藐三菩提：意译无上正等正觉。
[24]自身光明：谓佛自身发出光明。像法华眉毛、华严的足光一样，药师如来有身光，能遍照一切世间，并愿一切众生也有身光。
[25]无量无数无边世界：形容世界之极为广大。
