《药师经》的原文通篇都是白话文，对于我们已经习惯语体文的现代人来说，阅读起来有些麻烦，《药师经》主要是讲述了释迦牟尼佛应了文殊菩萨的要求，为大众讲说《药师经》。现在我自己翻译了十二大愿，如有不妥还请各位师兄指正：
1.第一大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，光明充斥全身，照耀世界的万事万物，能够让诸佛菩萨都具有庄严相貌，也能让一切有情众生，都能有和自己一样的庄严相貌。
2. 第二大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，身体像玻璃一样纯洁无瑕，没有半点污秽，光明胜过日月，让一切有情众生，都能因为这光明而开蒙心智，实现自己的追求。
3. 第三大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，能够用自己无边无量的智慧创造无穷无尽的财富，让一切有情众生享用这些财富，不再遭受贫穷。
4. 第四大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，有奉行旁门左道的众生，能够让他们进入到菩提道中，而一些奉行独自觉悟的人，就让他们依大乘佛学。
5. 第五大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，如果有在修行的有情众生，那么他们听了药师佛的名号，就可以修行圆满;如果有违背禁戒的人，当他们听了药师佛的名号，就会消除罪障。
6. 第六大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，如果有遭受病痛折磨的、身体器官不健全的等等这类有情众生，当他们听了药师佛的名号，都会获得端正的形貌和清明的智慧，一切病痛都不存在。
7. 第七大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，如果有情众生流离失所、无人照顾、没有钱看医生等，当他们听到药师佛的名号，身心都可以获得愉悦，重回健康的状态。
8. 第八大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，如果有女人因自己是女人就遭受了鄙视、欺辱、烦恼等等，当他们听了药师佛的名号，就可以从中解脱，变为男人。
9. 第九大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，让一切有情众生不受歪魔邪道的侵扰，能够获得像我一样的无上正等整觉智慧。
10. 第十大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，若一切有情众生遭受牢狱之灾、鞭挞之刑，身心煎熬想要悔改，当他们听了药师佛的名号，就可以获得悔改的机会，痛苦不复存在。
11. 第十一大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，如果有情众生有饥寒交迫、因为想果腹就犯下错事的，当他们听到药师佛的名号，就可以消除业障，有美好的食物，可以吃饱穿暖，安居乐业。
12. 第十二大愿，药师佛发愿自己将来证得无上正等整觉的时候，如果有情众生遭受命运的捉弄等等，只要他们听了药师佛的名号，就都可以获得自己想要得，随心所欲，得到实现。
说完这十二大愿，最后释迦牟尼佛告诉文殊菩萨，以上所说的种种愿望，都是药师佛在修习菩萨道时所发的，并且还发愿自己的国家人民比其他国国家的人民要只会许多，更加清净庄严，这些，都是药师经原文中包含的道理，是说不完的啊。
