《药师经》全称《药师琉璃光如来本愿功德经》，是大乘佛学的重要经典，不仅如此，佛门日常也念诵这本经文。这本经文主要讲述了药师琉璃净土的依正庄严，仔细解释了念诵、供养药师名号的功德，以及如何供养药师佛的具体方法。现在解释一下十二大愿，如有不妥之处还请各位师兄指正：
第一大愿：“愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时……如我无异”。
在本愿中，着重强调生佛平等。希望在遥远的未来世界，当我得到成就成为无上正等整觉智慧的时候，自身能放射如火焰般的大光明，使一切的众生都像我一样能拥有三十二种大人相等等。
第二大愿：“在其来生觉悟时……作诸事业”。
希望在遥远的未来世界，当我得到成就成为无上正等整觉智慧的时候，我的身体通体透明像净琉璃一样，没有污秽，功德巍巍如同须弥山一样高大，让一切在黑暗中的众生，都能因为我散发的光明得以心智开启，使他们能顺遂心意成就一切事业。
第三大愿：“在其来生觉悟时……莫令众生有所乏少”。
希望在遥远的未来世界，当我得到成就成为无上正等整觉智慧的时候，我能用无量无边的智慧方便，创造出数不尽的物质财富，让众生都享用这些财富，即无尽资生。
第四大愿：“在其来生觉悟时……皆以大乘而安立之”。
希望在遥远的未来世界，当我得到成就成为无上正等整觉智慧的时候，如果有奉行邪魔外道的众生，一定让他们在菩提道中觉悟;而一些奉行独自觉悟的众生，一定要让他们信奉大乘佛学。
第五大愿：“在其来生觉悟时……不堕恶趣。”
希望在遥远的未来世界，当我得到成就成为无上正等整觉智慧的时候，让有情的众生在我的正法中修行，我一定让他们极尽圆满，都具有大乘菩萨所必有的三戒律，如果有人违背了戒律，听到我的名号他们就可以消除业障。
第六大愿：“在其来生觉悟时……无诸疾苦”。
希望在遥远的未来世界，当我得到成就成为无上正等整觉智慧的时候，让一切身体不好、器官衰竭或残缺、相貌丑陋等的有情的众生，不再遭受疾病折磨，只要听到我的名号，一切病痛霍然而除。
第七大愿：“在其来生觉悟时……乃至证得无上菩提”。
希望在遥远的未来世界，当我得到成就成为无上正等整觉智慧的时候，一切有情众生，当他们在遭受疾病折磨时，求医无门，无钱看病时，听到我的名号就可以消除疾病，身心愉悦。
第八大愿：“在其来生觉悟时……乃至证得无上菩提”。
希望在遥远的未来世界，当我得到成就成为无上正等整觉智慧的时候，如有因为自己是女子就遭遇了一切苦难想要变成男人的人，只要听了我的名号，就可以变女成男，成为具有端正庄严的大丈夫相，从而得到无上的智慧。
第九大愿：“在其来生觉悟时……速证无上正等菩提”。
希望在遥远的未来世界，当我得到成就成为无上正等整觉智慧的时候，让一切有情众生，都不受邪魔外道的束缚。我会以我的神力帮助他们，逐渐使他们修行成四摄六度的诸种菩萨道行，更快获得智慧。
第十大愿：“在其来生觉悟时……皆得解脱一切忧苦”。
希望在遥远的未来世界，当我得到成就成为无上正等整觉智慧的时候，若一切有情众生，有人收到王法的追究严惩而下狱或者面临数种欺凌侮辱，内心想要悔改，只要听到我的名号，就可以使痛苦不复存在。
