一般佛经经文都有三个部分，即序分、正宗分和流通分。现在即按此顺序作些注释。
一、序分
如是我闻。一时薄伽梵。游化诸国。至广严城。住乐音树下。与大比丘众八千人俱。菩萨摩诃萨三万六千。及国王大臣。婆罗门。居士。天龙八部。人非人等。无量大众。恭敬围绕。而为说法。
注释：
如是我闻：是我亲自听到佛这样说表示证信。根据《智度论》卷二说：「佛入灭时，阿难问一切经首置何字?佛言『如是我闻』等言。所以在诸经的开始，都有「如是我闻」四字，表示阿难亲自闻释迦牟尼佛所说，不是自己随便说的。
一时：指说法的时间。亦即举佛说法时以证信。意为某一时间。
薄伽梵：是梵文的音译，意译为「世尊」。
广严城：音译为毗耶离城。是印度恒河边的一个城市，在王舍城对面。
乐音树：不是真能奏音乐的树，而是其树成林，当微风吹动树枝、树叶时发出的种种自然的声音，听起来好象是在奏音乐。
与大比丘：即与会大众，道行很高的出家男众称大比丘。是梵文音译，意译为乞士。
菩萨摩诃萨：菩萨是梵文菩提萨埵的简称，意译为觉有情。是指修持大乘六度，求无上菩提(大觉)，利益众生，于未来成就佛果的修行者。
婆罗门：古印度四阶级之一。
居士：印度社会的第三阶级叫做吠舍，也就是一种自由民，其中富有的，有地位的绅士，称为居士，中国一般指在家学佛者，称为居士。
〔10〕天龙八部：天龙八部是八类众生的统称。他们分别是：天、龙、夜叉、干达婆、阿修罗、迦楼罗、紧那罗、摩目候罗迦。这八类众生各有部属，所以叫八部。八部中以天、龙二部为首，所以用天、龙作八部的代表。
天，梵文Deva(提婆)或Sura(素罗)的意译，意为光明、自在、最胜。这是居于天界的一类众生，是六趣众生之一，他们享受人间以上的胜妙果报。
龙，梵文Naga(那伽)的音译，是一类身长无足有鳞大力的众生。龙有神力能变化云雨，得一滴之水，可散六虚以为洪流，得少水可以降大雨。
夜叉，又译作药叉(Yaksa)，意译为勇健鬼，能?鬼也能吃人伤人。其行动灵敏快捷，能飞腾空中，也能陆行。夜叉受持佛法，能成为佛的护法神，本经后面所讲的十二位药叉大将，都是夜叉。
干达婆(Gandharva)，意为香神。这类众生以香为食，身体也能发出香气。诸天举行盛会时，由他们奏乐，是帝释的乐神之一。
阿修罗(Asuar)意为非天，亦称修罗，有天之福而无天之德，是一类好斗的天居众生，六道之一。其女子貌美，男子丑陋。
迦楼罗(Garuda)，意为金翅鸟。这类鸟很大，两翅相去三百三十六万里，能食龙，为佛的护法神之一。
紧那罗，亦作甄陀罗，意为「人非人」即似人而头上生角。从属于帝释，是八部中的歌神，女的多为干达婆之妻。
摩目候罗伽(Mahoraga)意译为大蟒神，其形人身而蛇首，因多恚多妒，故受蛇首之报，也是帝释乐神之一。
〔11〕人非人等：指人与鬼神而言。
参与药师法会的学众既有各种各样的人，也有各部类非人众生，所以经文说：「人非人等，无量大众」。这些无量大众，恭敬地围绕着佛陀，听他宣说微妙的大法。
二、正宗分
(一)药师如来、十二大愿
尔时曼殊室利法王子，承佛威神从座而起，偏袒一肩，右膝着地。向薄伽梵，曲躬合掌，白言，世尊，惟愿演说如是相类诸佛名号，及本大愿殊胜功德，令诸闻者，业障消除，为欲利乐像法转时，诸有情故。
尔时世尊赞曼殊室利童子言：善哉!善哉!曼殊室利，汝以大悲，劝请我说诸佛名号，本愿功德。为拔业障所缠有情，利益安乐像法转时，诸有情故。汝今谛听，极善思惟，当为汝说。
曼殊室利言：唯然，愿说。我等乐闻，佛告曼殊室利，东方去此过十歹克伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光、如来、应、正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵。曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来，本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。
第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界。以三十二大丈夫相，八十随形，庄严其身，令一切有情，如我无异。
第二大愿：愿我来世得菩提时身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月，幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中，若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之。
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒，设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，酉鬼陋顽愚，盲聋??，挛辟背偻，白癞颠狂，种种病苦，闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦。我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身，闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔网，解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦，若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业。得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味，毕竟安乐而建立之。
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼。若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华?涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
曼殊室利，是为彼世尊药师琉璃光如来，应正等觉，行菩萨道时所发十二微妙上愿。
尔时：那时。即大众环绕世尊而听法的时候。
曼殊室利：即文殊师利菩萨，过去早已成佛，名龙种上尊王佛。
法王子：此处指文殊师利菩萨。佛说：「我为法王，于法自在」。如同国王的太子，将来要继承王业的。所以称法王子。
偏袒一肩，右膝着地：比丘平时所披的袈裟，是将两肩盖覆着的，到了将要礼佛的时候，为表示对佛致以最高的敬意，特将右肩偏袒出来，亦即露出右臂，再行将右边膝盖靠着地面下跪，面向薄伽梵，弯着腰像鞠躬似的，并且双手合掌。这是当时印度大众集合向佛请法时，所常用的一种隆重的礼节。这里曼殊室利菩萨为利益众生，向佛诚恳地请法，故依循此礼节而行。
世尊：音译「薄伽梵」或『婆伽婆」。对释迦牟尼佛的尊称。因为佛具万德，为世人所尊重。故名。
业障：「业」是梵文Karma的意译，意思是「造作」，泛指一切行为、言语和思想。佛教认为众生原来都具有灵明、洞澈湛寂常恒的本性，但因妄想执着，以致起惑造业，轮回六道。此妄心障覆本性，也叫无明。「障」是障碍，业即我们现在此生或过去所作的一切行为。
像法转时：佛入灭千年后，为像法时代。以佛像供养，来弘扬佛法的时期，为一千年。
有情：也称众生，指有情识的生物，包括人和一切大小动物。
曼殊室利童子：即是文殊菩萨的化身。
〔10〕谛听：即仔细地、认真地听。
〔11〕唯然：即「是的」、「好的」的意思。
〔12〕歹克伽沙：梵文音译，意译为印度的恒河。歹克伽沙，即以恒河的沙(无量数)比喻数量之多的意思。
〔13〕净琉璃世界：指在我们这个世界的东边，距离十恒河沙远的地方。亦即药师如来所住的常寂光净土、清净法界。
〔14〕应：即应供。佛的十种名号之一。谓应受人天之供养，故名应供。
〔15〕正等觉：或称正遍觉。音译为三藐三菩陀，佛的十大名号之一。
