[26]三十二大丈夫相：简称三十二相。指佛的庄严仪表，有三十二个显著特征。
[27]八十随形：指身体某部位美好的仪容有八十种，释尊当时即因德相庄严，每次出游教化，还不曾说法，便有很多人要求皈依。
[28]身如琉璃：意谓身如青色宝琉璃一样，内外明澈，净无瑕秽。
[29]幽冥：原意是虽为有理，但幽远非常识所及之处。这里指三恶道中无真理之光处。
[30]无量无边智慧方便：无量是指智慧深湛，坚澈真如;无边是指智慧广大，横穷法界;智是证真，慧是达俗;度众生可以方便圆通，即随方应便。
[31]邪道：谓非理之行法。指除了如来的戒、定、慧为正觉道外，其如六师外道等都属于邪道。
[32]菩提道：即正觉道。意思是修持正觉的途径。
[33]声闻：即声闻乘。二乘或三乘之一。凡是闻听佛音声与修四谛法门而悟道的人，都称为声闻。
[34]独觉：又名缘觉、辟支佛。即缘觉乘。二乘或三乘之一。于佛在世时听佛说十二因缘之理而悟道者，名为缘觉。若生于无佛之世，观诸法生灭因缘而自行悟道者，名为独觉。
[35]大乘：音译摩诃衍那。摩诃即“大”的意思，“衍”即是“乘载”(如车、船)或“道路”的意思。是印度公元一世纪左右形成的佛教派别，亦称大乘佛教。
[36]梵行：谓梵天之行法，亦即断淫欲而得清净之行法。又证得涅之万行，亦名梵行。
[37]缺戒：指所受的戒能够做到完全无犯，犯了所受的戒，就是有了缺漏。船漏了就不能渡过河，唯有戒行无缺，方能登佛地。
[38]三聚戒：大乘菩萨戒之一。即摄律仪戒(不作诸恶)，摄善法戒(行一切善)，饶益有情戒(利益众生)，三者总称三聚戒。
[39]恶趣：即地狱、饿鬼、畜生三恶趣。
[40]挛辟背偻：即跛足、驼背。
[41]黠慧：即世俗的聪明智慧。
[42]诸根完具：药师如来所发的第六愿。也有的解说称“诸根具足愿”。谓众生眼、耳、鼻、舌、身、意六根完全具足，没有任何缺陷。
[43]无上菩提：即佛菩提。
[44]转女成男：药师如来的第八大愿。只要闻听药师如来名号，一心称念，礼敬供养，就可转女成男。
[45]丈夫相：即勇健者之相。
[46]出魔 纲：“ ”同“绢”。即出离恶魔的绢。与纲的样子差不多，如果分别来说，捉兽的叫做绢，捕鱼的叫做纲。
[47]恶见稠林：恶见，就是邪见，也即不是正见。
[48]菩萨行：谓上求佛道，下化而生，即求自利利他、圆满佛果之菩萨大行，如布施等之六度即是。
[49]绳缚鞭挞、击闭牢狱：即用绳子系缚，用鞭子抽打，然后关闭到牢狱之中去。古代王法的刑罚制裁是很残酷的。
[50]刑戮：即判死刑被斩首。
[51]福德威神力：“福德”即一切善行所得之福利功德。“威神力”，即威势勇猛不要测度的神通之力。
[52]妙饮食：即美妙的饮食。谓对于衣食无着落的人群，为了不使因求衣、食而造罪，药师佛即以上妙饮食，饱足其身，解除他为饥渴所迫的苦恼。
[53]法味：即妙法之滋味。
[54]宝庄严具：即用珍宝庄严的饰具。
[55]华涂香：“华”，即以花结成环，用以装饰头或身。“涂香”，即以香涂于身手供养佛。
2、佛土庄严、皆七宝成。
复次曼殊室利!彼世尊药师琉璃光如来行菩萨道时，所发大愿，及彼佛土功德庄严。我若一劫，若一劫余，说不能尽。然彼佛土，一向清净无有女人，亦无恶趣，及苦音声。琉璃为地，金绳界道，城阙宫阁轩窗罗网，皆七宝成，亦如西方极乐世界。功德庄严，等无差别。于其国中，有二菩萨摩诃萨：一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量、无数菩萨众之上首次补佛处，悉能持彼世尊药师璃璃光如来、正法宝藏。是故曼殊室利，诸有信心善男子善女人等，应当愿生彼佛世界。
复次：再次，又一次的意思。
佛土：指一佛所住的国土或一佛所教化的国土。
劫：为梵文劫波的音译的简称。是指很长很长的时间，中国译为时分。极长的时间，印度叫劫波，简称为劫。一劫：世界的一“成”到一“毁”叫做一劫，劫有小、中、大三种：一个小劫为1680万年，(世上人的寿命有增减，从人寿十岁算起，每百年增加一岁，直到八万四千岁，再从此每百年减一岁，直减到十岁，如此增减时间总共为1680万年。)二十个小劫为一个中劫，八十个中劫合为一个大劫，一大劫包括“成、住、坏、空”四个时间，通称为四劫。
一向清净：意谓自始至终都是清净的。
金绳界道：即用金绳作为境界、道路。
城阙宫阁、轩窗罗纲“城”，即城垣。“阙”是城门上的楼屋。“宫”是高深广大的宫殿。“阁”是楼阁，即宫内之楼。“轩”是屋上的飞檐，远有屋檐间的横室也叫轩，类似于今日的阳台改成有窗的小屋。“罗纲”，是金银丝、珍宝丝结成的网，可以覆盖在宫殿楼阁的屋顶上，显得更为庄严。这都是形容东方琉璃世界的美妙庄业。
七宝：即金、银、琉璃、珊瑚、琥珀、砗磲、玛瑙等七种珍宝。
西方极乐世界：亦称西方净土。即阿弥陀佛之极乐净土。
日光遍照：菩萨名。日光破暗以照尽，比喻这位菩萨的威力，周遍法界，胜过一切，为药师左侍。
[10]月光遍照：菩萨名。月光清凉以照夜，比喻这位菩萨的威力和日光菩萨一样，周遍法界，胜过一切，为药师佛右侍。
[11]次补佛处：即依次延补佛的处所。凡菩萨修行到最高位即等觉位，称一生补处处，渐近佛位，将依次处补佛位而成佛。
[12]正法宝藏：“藏”的原意是库藏，一切钱财珍宝，不用时可以放进去，要用时就拿出来名为藏。一切清净微妙的功德法财，也都从此正法而流出，一切无边的功德法门，也都含藏于此，所以名为正法宝藏。
[13]善男子、善女人：是指闻佛法而信受的男女。此处统称缁素，即在家、出家的二众，所有修持佛法者。凡和六道中有缘的众生都可称为善男子、善女人。
3、因果定律、学持净戒
尔时世尊复告曼殊室利童子言，曼殊室利：有诸众生，不识善恶，惟怀贪吝，不知布施，及施果报，愚痴无智，阙于信根，多聚财宝，勤加守护，见乞者来，其心不喜，设不获已而行施时，如割身肉，深生痛惜。复有无量悭贪有情，积集资财，于其自身、尚不受用，何况能与父母妻子、奴婢、作使、及来乞者，彼诸有情，从此命终，生饿鬼界、或傍生趣，由昔人间，曾得暂闻药师琉璃光如来名故。今在恶趣，暂得忆念彼如来名，即於念时，从彼处没，还生人中，得宿命念，畏恶趣苦，不乐欲乐，好行惠施，赞叹施者。一切所有，悉无贪惜。渐次尚能以头目、手足、血肉、身分、施来求者，况余财物。
复次，曼殊室利：若诸有情，虽於如来受诸学处，而破尸罗。有虽不破尸罗，而破轨则，有於尸罗、轨则、虽得不坏，然毁正见。有虽不毁正见，而弃多闻，於佛所说契经深义、不能解了。有虽多闻，而增上慢，由增上慢覆蔽心故。自是非他。嫌谤正法，为魔伴党。如是愚人，自行邪见，复令无量俱胝有情、堕大险坑。此诸有情，应於地狱、傍生、鬼趣、流转无穷。若得闻此药师琉璃光如来名号，便舍恶行，修诸善法，不堕恶趣。设有不能舍诸恶行、修行善法，堕恶趣者。以彼如来本愿威力，令其现前暂闻名号，从彼命终、还生人趣，得正见精进，善调意乐。便能舍家，趣於非家，如来法中，受持学处，无有毁犯，正见多闻，解甚深义，离增上慢，不谤正法，不为魔伴，渐次修行诸菩萨行，速得圆满。
不识善恶：这不是指白痴、天生的呆子，而是指那些否认善恶抹煞因果、抹煞道德观念的人。他们不肯行善，专做恶事。
贪吝：即贪著、吝啬的意思。
阙于信根：意思是不信佛法的基本义理，缺少信奉佛法的根本基础。
饿鬼界：即饿鬼趣或饿鬼道。
傍生趣：即畜生趣。意谓畜生是傍行之生类。
宿命念：“宿命”，即宿世之生命。“宿命念”，与宿命通含义相仿，意谓能知宿世之生命。
血肉身分施来求者：即以自己的血肉之身分别施舍于人。
诸学处：谓七种所学之处，即自利、利他、真实义、力、成熟众生、自熟佛法、无上菩提。此处则指学戒之处。
破尸罗：是持戒修行中的愚人邪见之一，“尸罗”意译为“性善”，引伸为戒律。毁坏根本重戒称“破尸罗”。
[10]破轨则：持戒修行中的愚人邪见这一。即是违犯戒律、不守轨则的人。
[11]毁正见：持戒修行中的愚人邪见之一。即是对佛之说法加以否定或歪曲。
[12]弃多闻：持戒修行中的愚人邪见之一。即是向小背大，强调片面，不能圆融的见解。
[13]增上慢：持戒修行中的愚人邪见之一。就是抬高自己，妄自傲慢，未得智慧自己说已经得到了，未证佛果说已经证得了。
[14]嫌谤正法：持戒修行中的愚人邪见之一。即是恶意毁谤佛法，甚至诃佛骂祖，毁教排禅。
[15]俱胝：意译为亿。乃印度数量之名。中国常作千万、亿解，亦有说为十万、百万、千万的，都是代表极大的数目。
[16]正见精进、善调意乐：“正见”，指深信佛法。“精进”，指修善断恶、去染转净;善调意乐，指自己心中制恶持戒学佛，身心清净、法喜充满和愉快。
[17]如来法：即出世间法，指佛陀所说的教法，亦即佛法，内容为佛教三藏经典。
[18]速得圆满：指超直人修证了义，很快得到圆满。
4、业因果报、往生觉岸
复次、曼殊室利，若诸有情，悭贪嫉妒，自赞毁他，当堕三恶趣中，无量千岁、受诸剧苦。受剧苦已，从彼命终，来生人间，作牛马驼驴，恒被鞭挞、饥渴逼恼，又常负重、随路而行。或得为人，生居下贱，作人奴婢，受他驱役，恒不自在。若昔人中、曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因，今复忆念，至心归依，以佛神力，众苦解脱，诸根聪利，智慧多闻，恒求胜法，常遇善友，永断魔 ，破无明壳，竭烦恼河，解脱一切生老病死、忧愁苦恼。
复次曼殊室利，若诸有情，好喜乖离，更相斗讼，恼乱自他，以身语意、造作增 长种种恶业，展转常为不饶益事，互相谋害。告召山林树土冢等神，杀诸众生，取其血肉，祭祀药叉罗刹婆等。尽怨人名，作其形像，以恶咒术、而咒诅之，厌魅蛊道。咒起死鬼，令断彼命、及坏其身。是诸有情，若得闻此药师琉璃光如来名号，彼诸恶事、悉不能害。一切展转皆起慈心，利益安乐，无损恼意、及嫌恨心，各各欢悦，於自所受、生於喜足，不相侵陵，互为饶益。
复次、曼殊室利，若有四众、比丘、比丘尼、邬波索迦，邬波斯迦及馀净信善男子、善女人等，有能受持八分斋戒，或经一年，或复三月，受持学处，以此善根，愿生西方极乐世界无量寿佛所，听闻正法，而未定者。若闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时，有八大菩萨，其名曰文殊师利菩萨、观世音菩萨、得大势菩萨、无尽意菩萨、宝檀华菩萨、药王菩萨、药上菩萨、弥勒菩萨、是八大菩萨，乘空而来，示其道路，即於彼界种种杂色众宝华中、自然化生。或有因此生於天上。虽生天上，而本善根亦未穷尽，不复更生诸馀恶趣。天上寿尽，还生人间，或为轮王，统摄四洲，威德自在，安立无量百千有情於十善道。或生刹帝利、婆罗门、居士、大家，多饶财宝，仓库盈溢。形相端正，眷属具足，聪明智慧，勇健威猛、如大力士，若是女人、得闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，於后不复更受女身。
悭贪嫉妒：“悭”，即惜己物是悭，恋求他物是“贪”，《成实论》说“悭有五种：财悭、法悭、家悭、处悭、赞悭。”害贤为“嫉”，忌善为“妒”。这些都是恶业，都有各自的恶报。其中悭贪是身恶业，嫉妒是意恶业，自赞毁他是口恶业。
不自在：即不能进退无碍、自由自在。
至心皈依：皈是皈投，依是依靠。意为以至诚恳切之心，把身心性命皈依佛陀。
魔：魔是魔王，贪欲为业。以八万四千尘劳，纲罗众生，叫做魔 ，意为罗网。
无明壳殳：壳即是卵壳殳。无明壳殳，是一种比喻，如小鸡在未孵出之时，闭在蛋壳内，是黑暗、闭塞而不自由的。无明即是愚痴，是生死烦恼的根本。众生在无明烦恼的蒙蔽中，愚痴暗昧，不得解脱自在，也如小鸡在蛋壳里一样，所以叫做无明壳殳。
烦恼河：人的妄心不断流注，欲念一个接着一个，如同滔滔河流里的波浪，此起彼落，此落彼起，没有休止，使得人在生老病死中受尽烦恼苦楚，这就叫做烦恼河。
乖离：乖，即乖僻，远背常理;离，即离间。乖离是指与人格不入，欢喜找别人岔子的人。属于真恶意业。
斗讼：斗是殴门，争吵打架，属身业;讼是指打官司，《易经》说：“讼则凶”。属嗔恶的口业。
告召：祷告、召请的意思。与下面所讲的祭祀、咒咀、厌祷、虫事、起尸等为同一含义，是相对上文的乖离斗讼而说的，都是用秘密方法，邪魔外道伤害他人的恶果。
[10]厌魅蛊道：“厌魅”，指以咒语咒死，使其杀害怨敌。“蛊道”，蛊为一种由人工培养的毒虫，能害人致死。用毒虫偷偷放入仇人的衣服或食物中以毒害人，即名蛊道。
[11]八分斋戒：亦称八关斋戒、八斋戒、简称八戒。指佛教为在家的男女教徒制定的八条戒条。即不杀、不盗、不邪淫、不妄语、不饮酒、不眠坐高广大床、不装饰打扮、不视听歌舞、不非时食(即过午不食，只吃早中二餐)o前七项是戒，后一项是斋，合称为八分斋戒。此戒有的常年受持，有的在一年中的正月、五月、九月三个月内受持。
[12]八大菩萨：指位居等觉、已近佛位的大菩萨。其名称下面经文中已有。
[13]宝华：指佛界的莲花。该莲花有色有香，光明净妙，又能结果，故称宝华。
[14]天上：泛指欲界之六欲天和色界、无色界诸天。六欲天为四天王天、忉利天、夜魔天、兜率天、乐变化天、他化自在天;色界有十八天，无色界有四天。从佛法来说，生于天上还不是根本解脱。因为天神也有寿命终时，还有可能坠落人间。只有往生西方净土和东方琉璃世界才是最终目标，才能根本解脱生死。
[15]轮王：指世间的转轮圣王，为第一有福之人。于人寿八万四千岁时出现，统辖四天下。转轮王出现时，天下太平，人民安乐，没有天灾和人祸。
[16]四洲：即南瞻部洲、东胜神洲、西牛货洲、北俱虞洲。
[17]十善道：亦称十善业。即不杀生、不偷盗、不邪淫(三身业)、不妄言、不两舌、不绮语、不恶口(四口业)、不贪欲、不嗔恚、不邪见(三意业)。
[18]刹帝利、婆罗门：古印度社会四种种姓阶级中的二种。婆罗门被称为“人间之神”，是古印度一切知识垄断者：刹帝利为印度掌握军政的国王和武士。
5、演说真言、诸佛护念。
复次、曼殊室利：彼药师琉璃光如来得菩提时，由本愿力，观诸有情、遇众病苦，瘦挛、乾消、黄热等病，或被厌魅蛊毒所中，或复短命，或时横死，欲令是等病苦消除，所求愿满。时彼世尊入三摩地，名曰除灭一切众生苦恼。既入定已，於肉髻中、出大光明，光中演说大陀罗尼曰。
南无薄伽伐帝、革卑杀社窭噜、薜琉璃钵喇婆、喝口罗也，怛他揭多耶、阿口罗诃帝、三藐三勃陀耶女至怛他、革卑杀逝、革卑杀逝、革卑杀社、三没揭帝莎诃。
尔时光中说此咒已，大地震动，放大光明，一切众生、病苦皆除，受安隐乐。曼殊室利，若见男子女人、有病苦者，应当一心为彼病人、常清净澡漱，或食或药或无虫水，咒一百八遍，与彼服食，所有病苦，悉皆消灭。若有所求，至心念诵，皆得如是、无病延年。命终之后，生彼世界得不退转、乃至菩提。是故曼殊室利，若有男子女人，於彼药师琉璃光如来、至心殷重、恭敬供养者，常持此咒勿令废忘。
复次、曼殊室利：若有净信男子女人，得闻药师琉璃光如来、应、正等觉、所有名号，闻已诵持。晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香华、烧香涂香，作众伎乐，供养形像。於此经典，若自书，若教人书，一心受持，听闻其义，於彼法师，应修供养，一切所有资身之具，悉皆施与，勿令乏少。如是便蒙诸佛护念，所求愿满乃至菩提。
瘦挛乾消黄热等病：“瘦挛”，指足拘缩弯曲;“乾消”即是消渴，现代医学称为糖尿病;“黄热”指黄疸型肿胀症和热性传染病，这些都是病苦。
魇魅虫毒：与前面所讲的“鬼虫道”含义相同。
横死：指寿命未尽，无病不该死亡，但突然遭遇横祸而死。
三摩地：也称三昧，意译为正定。又译“等持”，即持心平等，不昏沉，不掉举，专心保持平衡，安定、而专 注于一境。佛经中说，佛将说法、说咒或现神通时，每每先入定。其实佛无时不在定境之中，无论起居、衣食、行走、说法度生，佛的心境都已安住在定中。一切功德智慧，确都由定中流出。现在药师如来所入的三摩地，名称叫做“除灭一切众生苦恼定”。
於肉髻中是出大光明：头顶上的肉髻，为佛的三十二相之一，名无见顶相、放大光明。
大陀罗尼：译为总持。梵文陀罗尼即是咒，又名“真言”。总持即是总摄一切法，持无量义。
南无：是皈依、皈命的意思，“南无”是梵文音译，一般念作“那摩”，表示对佛、法、僧三宝的尊敬和虔信。
薄伽伐帝：为薄伽梵的异译，即世尊。
革卑杀社窭噜：“革卑杀社”的意思是药;“窭噜”的意思是师，合译为药师。
[10]薜琉璃：即是琉璃。
[11]钵喇婆：即指光。
[12]喝口罗也：意是王。
[13]怛他揭多耶：意是如来。
[14]阿口罗喝帝：意是应(供)。
[15]三藐三勃陀耶：意是等正觉。此句与上几句连起的意思是：“皈命药师琉璃光如来、应、正等觉”。
[16]怛侄他：是“即说咒曰”的意思。
[17]：应读作“嗡”音。意义很多，一皈依义，即是集中身心皈向三宝;是警觉义，提起注意的意思，即把精神集中起来，注意一个地方。
[18]革卑杀逝：意思是药。
[19]革卑杀社：含意与革卑杀逝同，意谓陈弃的药。
[20]三没揭谛：意为普度，即普遍救度世界一切众生之意。
[21]莎诃：也作娑婆诃。意思是速得成就。
