一 讲药师经缘起
今讲此《药师琉璃光如来本愿功德经》，可有三种因缘：
甲、近人学佛注重现生应用
人生在世之大事，莫过生之与死，而最难解决之问题，亦唯生死而已矣。是以诸佛兴世，无非将自己所证知的如何解决生死问题之经验与方法，宣扬开示，使一切众生依之实行，而得解决人生最难解决的生死问题。如释迦世尊之降生为娑婆教主，应此界之机，示现成佛说法等事，其所为之目的，即使吾人由之而对生与死之问题获得相当的或究竟的解决办法。故吾人称释迦为本师，通常皆目之为“三界导师，四生慈父”，凡佛弟子，皆奉为根本之师，亦以现今世上所流传之佛法，皆导源于释迦佛也。
但中国诸大丛林之大雄宝殿中，皆供三佛，中供释迦，其左右兼供药师与弥陀者，正显释迦在此界为主中主，药师弥陀为主中宾。主中主者，乃如如不动之无为妙体，虽无为而无不为，一切诸法莫不依止此，一切作为咸皆归向此，故能达生死本空而究竟解脱者，即为主中主，而更不须他求。然对世界众生之未了生死者，从如如不二之妙体中，开出药师与弥陀之两大囧琺门。将济生之事，付与东方之药师;度死之事，付与西方之弥陀。盖东方位四方之首，居四季之春，生长万物，故资生延寿之事属之;西方位四方之三，居四季之秋，万象萧条，故救死度亡事属之。是知药师弥陀，乃从此界释尊全体所起之大用，虽有消灾度亡之别，摄用归体，咸不外乎无为而无所不为之释迦佛;而体用别论，亦不妨列有三佛也。
中国自唐宋以来，于佛法注重救度亡灵或临终往生，偏向弥陀法门，故以弥陀法门，最极弘盛。中国人有不知释迦与药师之名者，而弥陀则人人皆知，可见唐宋后之中国佛教，偏于度亡方面，信而有征矣。由此之故，社会人民往往有认佛教为度死人之所用;死后方觉需要，而非人生之所须，是甚昧于佛教之全体大用。
近年以来佛教渐普及于中国现社会各界人士中，种种经营建立佛教之团体，且依之修学者，不乏其人，尤其注重于应用到现代社会之新佛教精神，如办佛教孤儿院，义务学校，施医所等社会公益事业，改善家庭社会之生活，使一般人于现生中得佛法之益。过去偏重于荐魂度鬼之佛教，已一变而为资养现实人生之佛教矣。然此资生之佛教，即为释迦付托与药师之法门，而说明在此经中者，此于过去专重度亡之佛教，有补偏救弊之功能，尤合于现代人类生活相资相养之关系，故今有讲此经之需要。
但人生依是药师弥陀二佛，对于生死二事虽得相当办法，然究竟办法，仍在直达如如不动之主中主释迦佛。此即真如法界，人人本具，各各不无之天真佛也。若能契会于如如理，则真如境内，本无生佛假名，平等慧中，何有自他形相，涅槃生死，等同空花，是则第一义谛中尚觅生死了不可得，何有生死大事之欲待解决耶?良以无始不觉，飘堕于如梦幻泡影之生死海中，旋转无已，此诸佛所以出世，佛教所由建立也。由是而体达生死本空，了不可得，固毋须向外他求;若或生存之欲求未尽，则须仗药师法门而消灾除难，成就福寿，即此人生，可得无上利乐。如由父母妻子之相资相生，即成家族，由各个家族相助相养，即成社会，由维持社会秩序，即成国家，乃至诸国互济相资，即成全人类世界。不但此也，即宇宙间之形形色色，动物植物，皆有相生相养相资相成之关系，而构成有情与器世间也。
复次，世界既有成住坏空，则众生栖息其中，亦有生老病死，死生生死，生死流转，故无生而不死或死而不生者，所谓“死者乃生之始，生者乃死之终”，正明生死不断。而生时即有父母、妻子、朋友、家族、社会种种关系，若能依此消灾延寿之法门，作种种资生之事业，则生之问题解决矣。然死后须随善恶业因，升沉于天上、人间、鬼、畜、地狱，若依出世三乘教法修行，即得超越轮回六趣，或依弥陀法门而得生净土，则死之问题解决矣。故人生时则有相资相生之关系，依佛教法，得消灾延寿之益;临命终时，则转生善道，或往生净土，乃至六亲眷属，广作佛事，水陆空行，超度亡灵;而人世之生死二大事，均有办法矣。
故于释迦佛法中，济生之事，须藉此经;度死之事，乃属《弥陀》等经。今欲将唐宋以来偏重度亡之佛教，变为适应今日现实人生之佛教，以逗近人学佛注重现生应用之机宜，乃提倡讲演此经之第一因缘也。
乙、中国名东震旦土即为东方世界
药师佛所住之东方琉璃世界，乃以此娑婆世界为标准而言。谓从此界东去经十万殑伽沙(恒河沙)世界，有一国土，名净琉璃，其佛名药师琉璃光。此以佛眼视之，十万殑伽沙世界外之世界，亦犹吾人视法堂前之舍利殿耳;而在凡夫观来，渺渺茫茫，不可捉摸，非特想像不能及，即言说文字亦莫能到，入于不可思议矣。但依佛法而随顺凡夫心量，不妨将广大之事，缩小而说。假如以释迦佛降生之中印度，当为娑婆世界，则从中印度经东印度及诸小国，而至东震旦土，(亦译支那、天竺、身毒、真丹。震旦者，八卦东方曰震，东方日出曰旦，皆符万物生长义。)则东震旦土即可视同东方琉璃世界也。不但此也，即此世界人类之思想、文化、道德观之，吾人所居之东震旦土，亦与东方琉璃世界之药师法门相符。盖吾中国之思想文化，如孔、孟、老、庄等学说，及尧、舜、汤、武、周公等古圣先贾，皆重于人生道德、修养、修身、齐家、治国、平天下等，皆现生之事。若由中印度而西之天方、犹太、埃及、希腊、罗马等古国视之，就其所倡之摩西、基督、回回等教，说世界人类为上帝所创造，人生在世无别事，只求死后回复到上帝之天国，故其对现实人生更不求办法，唯一之目的，在求上帝哀怜早生天国，故皆偏重于死事。
由此将范围缩小观之，以中印度为娑婆，由中印度而东至震旦土，宛然东方之药师琉璃世界也。且其注重资生事业，尤皆与药师净土极相符合;中印度而西至犹太、罗马等，偏于度死之事，正近似于西方极乐世界之往生法门。由是观之，今东方中华民族之东震旦国，其民族性，及古圣先贤之道德文化，皆与琉璃世界之药师法门相宜，乃提倡讲演此经之第二因缘也。
丙、依药师琉璃世界建立新中国及人间净土
依据前二义以合明之，谓此《药师经》中释迦佛说，东方有琉璃世界，其世界有药师琉璃光如来;其世界如何严饰，其佛因地时如何发大愿利乐有情而得此报，乃至于中，有日光月光等菩萨住其中。若近摄之为东震旦土，即可视为现今中国人民之理想国。如何实现此理想国?则佛教中所谓“三界唯心，万法唯识”，依吾人心理中所想像之琉璃世界为模型，如工程师之先有计划图样，依之而施建筑工作，则此东震旦土，亦即可成为琉璃世界。故愿吾国人民，应以琉璃世界为理想国，定为趋向之标准;依药师之本愿，而发愿，使将来世界如何如何，集修众行，则因圆果满，琉璃世界实现匪遥矣。
再推广言之，以今世交通所及之地球人类，概依药师如来如何发愿修行而成琉璃世界之方法行之，则人类之理想世界，亦不无实现之希望也。故今日之学佛者，应将药师如来，如何发愿修行之方法牢记于心;孤掌难鸣，象擎易举，集众人之力量，方可转此污浊娑婆为清洁琉璃也。以今日重重困陷于水深火热中之中华人民，尤宜急依此法，以求安全之出路;即今全世界人类，斗争炽然，人命朝不保夕，亦唯依此药师消灾延生之法，乃能转祸为福，是则提倡讲演此经之第三因缘也。
依此《药师经》而作延生法事，虽尚流行于中国;然能讲解修行者，则如凤毛麟角。就吾数十年足迹之所至处，皆未遇见讲习此经，今能于此释迦如来舍利道场之阿育王寺宣讲此经，亦诚为现代佛教中极可纪念之一盛事也。
太虚大师讲，学僧竺摩记，廿三年四月于宁波阿育王寺
药师琉璃光如来本愿功德经讲记
二 释名题
甲 分释
1.药师 药师者，即吾人日常所诵之消灾延寿药师佛。药师、乃梵音“裨杀社窭噜”之义译，亦可称为大医王佛。所谓佛为无上医王，拔除众苦，善疗诸病，故以药师为喻。药乃世间治病之物，例如药店中所陈列之药品。但以佛法言之，不惟人于得病时方吃药，凡世界众生无时不浸在惑业苦之病中，身心充满诸病。若身病，则有世俗药物可治;若心病，则须以法药对治之。在药之意义上说，药是治病之物，若无病则非药，故从无病非药之反面，而显有种种治病之药。然亦不外二种：一、治身病之物药，二、治心病之法药。
物药者，即世间治身病之药。中国自神农尝百草制药以来，为物药之发源。但物药非唯草木等植物，即金土炭石等矿物，飞禽走兽等动物，皆为制药之原料。吾人试检店中所制之药，其要素原料皆不外乎此矿物、植物、动物之三种。但依药病之本义言之，则唯病时为病，药时为药，此属狭义。若广义言之，则寒而需衣，饿而需食，倦而需住，困而需行，乃至旅行惫倦以舟车代步，睡眠来时以床座歇息;此饥、寒、困、倦等无非是病，此衣、食、住、行等无非是药。总之，人生之有需要，无非是病;所需要者，无非是药。故众生充满诸病，宇宙万物莫非药也。此以普贤菩萨与善财童子之一段问答因缘，更可显明药与非药之义意：一日，普贤命善财入山采药，凡能为药之草木，皆可采来。而善财踏遍山岩，徒手而归。询之，则言满山皆药，无从采起。普贤又命入山，将非药者采来。善财依然空手而归。再诘之，则见满山，又皆非药，亦无从采起也。此其从是药之心视之，故满山皆药;从非药之意看之，故满山皆非药。是知药与非药，全在医生之得当与否，得当则秕齤霜亦可为药，不得当则人参亦能死人。故从广义言药，虽宇宙万物皆可为药之原料;若不经医生配制，矿植等物又皆非药。药须经医生制方配成，方可治病。又药中复有丸、散、膏、丹等已制成之药，此即所谓“祖传秘方”，“配时虽无人识，良心自有天知”，随时可以治病者。综上而知物药不外三种：即有矿、植、动物等为药之原料;以之有按方制配之药;有丸、散、膏、丹等已成之药。
法药亦有三种：一、经律论，二、五乘、三乘、一乘，三、陀罗尼。佛依众生而施设经律，皆为对治众生身心之病。众生堕无明惑，得业报身，充满诸病，佛说诸经、诸律广为医治;乃至菩萨、声闻结集经律，造论申义，真理重重，法门无边，取之不尽，用之不竭，亦犹充满宇宙间之矿植等物，皆为药之原料。虽然、众生有八万四千病，佛说八万四千法门，对机施药，方能治病，故有五乘、三乘、一乘之教法。五乘：即人乘、天乘、声闻乘、缘觉乘、菩萨乘。为人乘，则施五戒，十善之法，对治五逆，十恶之病;为天乘则施四禅、八定等法，对治散心位中诸病。此二为出世三乘之基础，是必经之阶梯，故亦说为五乘共法。推而上之，复说出世三乘共法，使声闻、缘觉，依四谛、十二因缘等教法，灭除三毒烦恼，解脱生死病苦。声闻等所行四谛等法，虽属二乘，而为大乘之所共行，故亦曰三乘共法。又为一类发菩提心修大乘行之机，遂直施一乘不共之教。佛对众生之根性差别，而施五乘、三乘、一乘之法药，亦犹世俗医师，对病人而制方配药也。陀罗尼者，此云总持，总持无量教法;亦云遮持，遮一切恶病持一切善法。此能治一切病，亦犹物药中之丸、散、膏、丹为祖传秘方，不可示人。盖总持咒语，义不可解，且亦无须推寻其义;若能依之修持，身密结印，口密持咒，意密观想，三密相应，便得遂愿所求，解除生死，消灭过患，得大妙用。如此经中之药师咒，若能依之诵持，亦可消灾获福，有起死回生之功效也。综上药与非药，列表于下：
┌矿、植、动物
┌物药─┤制方配药
药─┤ └丸、散、膏、丹
│ │ ┌经、律、论
│ └法药─┤五乘、三乘、一乘
│ └陀罗尼
非药────○○○
师者，正显其能以物药、法药善治众生身心之病，谓之为师。古谓药师，义兼医师。前明矿植动物之物药，与经律论之法药，皆须得师调制，方可为药;若无师，药亦无。唐黄檗禅师所谓：“大唐国里无禅师”。复言：“不是无禅，乃是无师”，故以师为最要。世俗如神农、扁鹊等以物药治身病，即为物药之师;佛以种种法药善治众生之病，故为法药之师。地上菩萨对地前人言，亦称药师，而对佛言，亦为病人，盖微细无明未尽，犹须佛之法药治故。地前菩萨对二乘、人、天言之，亦称药师，对地上菩萨言，亦为病人。乃至人天对邪外众生言，亦称少分药师，但推而上之，实是病人也。唯邪外众生，但属病人而非药师。又九界凡圣，皆为病人，唯佛界乃为究竟无上之药师也。若从非师边言之，则邪外、人天等皆为非师，二乘、菩萨少分属非师，唯佛不在非师中摄。又佛之法身，遍一切处，随物应生，神变莫测。而自受用身，住佛自果功德。现他受用，应地上机，为地上师。现大化佛，应地前机，为地前师;现小化佛，应二乘、人天之机而为师;现随化佛，应人天及邪外之机而为师;是故唯佛一人，乃为究竟药师。今复以表明之：
师─────── 佛 ──────自受用佛┐法
│ 地上──────他受用佛│
│ 地前──────大 化 佛├身
│ 二乘──┬───小 化 佛│
│ 天 ──┘ │
│ 人 ──┬───随 化 佛┘佛
非师────── 邪 ──┘
2.琉璃光 琉璃光者，合梵华方言，梵音为“薛琉璃钵拉婆喝啰阇也”。琉璃、具云薛琉璃，或吠琉璃。平常闻见琉璃二字，即想到大殿中悬于佛前之琉璃灯的体质，其实不然。琉璃乃顺梵音薜琉璃相近而译，其义为青色宝，──即宝石中之蔚蓝色者。宝石即同宝玉，其体透明，如天青之色，有晶莹之质，表里洞彻，内外相映;所谓琉璃光者，即此天青宝中所含之净光。其为相也，如万里无云蔚蓝深青之天空，充满杲日光辉，由光明清净故，更显其高远蔚蓝;由高远蔚蓝故，更显其光明清净，可以仿佛似之。此无云无障之清空，即显绝言绝相之如如第一义空;于此如如第一义空中，充满般若之如如无分别智光，由般若无分别智照第一义空之境，同时由如如境而显如如之智，境智如如不二，即是青色宝光之琉璃光也。又四宝所成之须弥山，其覆于吾人所居南阎浮提之上者，即吠琉璃宝。吾人对高日丽天迥无云翳障隔之晴空，即为吠琉璃宝所放之青色宝光。此显离垢真如，或出障圆明之如来藏。盖由天空一切障翳净尽，所显洁无瑕疵之吠琉璃宝光，亦犹以般若无分别智，扫空无明惑染而照耀真如法界如来藏性也。复次、此琉璃光义，与今日中华人民所欲实现之理想目标，亦极相符;盖孙中山先生以青天白日为建立中华民国之国旗，此青天即琉璃宝，白日为琉璃宝充满之净光。佛陀说法，无不契理契机，此琉璃光尤深契第一义空境智如如之理性，与中华民族建立民国之机宜也。
3.如来 如来者，可综上药师与琉璃光二义而显之：如、即琉璃光，来、即药师。如即琉璃光者，不变不异谓之如;无二无分别，遍一切处，尽未来际谓之如。谓如如智契如如理，如如理冥如如智，理智泯合，故曰如如;亦即根本无分别智，证于根本无分别之真如妙性。此真如妙性，地前三贤、二乘未证，地上菩萨分证，唯十方诸佛究竟明证，犹吠琉璃宝光之纯净圆明也。来即药师者，诸佛契证真如妙性，自他平等，不可思议。但以十方众生，迷而不觉，妄想颠倒，未能证得。为欲令除颠倒之妄想，拨无明云雾而见佛日丽天，乃由大悲愿力，从真如性中来示成佛，应病施药，教化众生，此非来即药师乎!如来之梵音为“呾他揭多”;亦即余经“多陀阿伽陀，阿罗诃，三藐三佛陀”中之“多陀阿伽陀”。总之、约证真如妙性，皆属于如;在现身说法教化众生之来去生灭行住坐卧等仪相，皆以来义摄之。故如来者，来即非来，非来而来。自其来义观之，若行、若住、若坐、若卧等，皆即如而来;自其如义观之，若行、若住、若坐、若卧等，皆即来而如。故不于行住坐卧等中见如来，亦不离行住坐卧等中见如来，金刚经所谓：“如来者，无所从来，亦无所去，诸法如义，名为如来”也。
4.本愿功德 药师果上所成之功德庄严，皆出本因地中行菩萨道时所发之大愿;由此本因地中所发大愿而成果德庄严，故名本愿。但诸佛菩萨因地所发之愿，有通有别：通愿者，即“众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断，法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成”之四弘誓愿;亦可加“福智无边誓愿集”为五愿。然此第五愿已在第四“佛道无上誓愿成”中摄尽，盖所成之佛道，即福智两足尊也，故毋须再立第五之愿。此为十方诸佛菩萨所发之通愿。其于通愿中各有别愿者，即如弥陀之有四十八愿，药师之有十二大愿，乃至其余诸佛所发之八愿四愿等，皆为别愿。而诸佛菩萨所发通别之愿虽无量无边，不妨弥陀以四十八愿为本，药师以十二大大愿为本，乃至一一佛各有其根本愿，以摄其余诸愿为枝叶，故本愿又即根本愿也。
所谓发愿者，即普通所谓立志，志既立定，则抱有志者事竟成之决心，虽赴汤蹈火亦所不辞，以达到其目的为止。如普通人入学校，进教会等，亦须立志愿书，方能允可。志之所在，为成功建业之本因，故立志愿者，诚人生先决之问题也。诸佛菩萨因地发愿，亦复如是，誓愿既定，虽经艰难困苦而必具不屈不挠之牺牲精神，实现其所志之目的。但其所以与普通立志不同者，以诸佛菩萨因地中发上求佛智，下化迷情之愿，皆从清净心中出发。谓由五遍行中思心所，五别境中欲心所、胜解心所、慧心所，十一善中信心所等以成，非但别境之欲也。
又称为誓愿者，誓为誓约，正明志愿既立，复以誓约束，则非志愿完成不可。故平常所谓人之患者，患不立志，若志既立，必定成功。今菩萨既立众生无边誓愿度等志愿，虽经若干波折违碍，亦必有达到目的之一日。如江河百川之水，虽经山丘土石之阻而终汇于海，所谓“溪涧岂能留得住，终归大海作波涛”也。故自诸佛菩萨之通愿观之，其所发誓愿无量无边，而本此誓愿修行所证之果，其施设普济群生之法门，亦无尽无滞也。自其愿上之誓以观之，例如弥陀之愿成佛时，名称普闻，若闻我名皆得往生，若不得成，誓不成佛;则今日弥陀既已成佛，其所誓亦必成矣。又如水陆仪轨上每有“惟愿不违本誓”，此不违本誓，为保持人格信誉之要素，若违背本因誓愿，则即为自欺矣。即如中国古来之圣贤，凡有所为，务必躬行实践，成其志行。故学佛者，亦须先发誓愿，范围自己，督促自己，鞭策自己也。
复次、虽有本愿，必藉功行圆满，方使其本愿之得遂;如发众生无边誓愿度等四弘誓愿，则须修六度、四摄等诸胜行，功成果圆，方能实现众生无边誓愿度之理想;若无功行，有愿徒然!故平常谓发菩提心，修菩萨行：此菩提心，即上求佛道、下化众生之心;此菩萨行，即四摄六度等万行。四摄者：布施、爱语、利行、同事。六度者：布施、持戒、忍辱、精进、禅定、智慧。必藉此等功行圆满，方得果位庄严妙用，是即所谓功德也。功德、谓功家之德;但有功所显德，与功所生德：所显德者，即无为性德，如如本具，但因妄想执著覆蔽而不能彰显，若修六度等功行圆满，扫荡无明障翳，即显于本然性德也。所生德者，即如修六度万行，由布施故，得种种法财珍宝，乃至由禅定故得种种自在妙用。故由功行有所显德，亦由功行有所生德;而此二德，咸由本因地誓愿所起功行而成就者。故药师琉璃光如来之依正庄严果德，亦由因地本愿策发功行以圆满焉。
5.经 梵语修多罗，或素怛缆，此翻为经;直译其义为线。如布帛须经纬线而织成，散乱之花，线能贯穿;正喻法界诸法，生佛平等，不增不减，而众生迷故散乱忘失，不成体系，诸佛如证而说故，如握网之纲，贯穿而显现也。又、修多罗广则总包一切经典，狭则唯局十二部中修多罗部之直说者。又、佛时藉音言以闻法，初无写本，佛后由众弟子之结集，贯穿佛语，犹线串花而成经本也。经在中国训常，训法。盖古圣先贤之言教，足令万世奉为圭臬，而四海效作模范者，则谓之经;此与佛之修多罗相当，故译为经。又译契经，有契理、契机二义：契理者，佛之说法，皆与真理契合，为实相印与三法印印定，方可称经，否则、说同魔外。契机者，佛所说法为使众生开示悟入佛之知见，若不能悟他，等于废话，故须契机方得其用也。
乙 合释
1.药师琉璃光 药师琉璃光，正是此佛之别号，虽是别号，而此药师琉璃光，亦正为一切佛及菩萨共证共修之悲智。由大悲心故，倒驾慈航，应病施药，而为大药师，度无明颠倒之众生，出生死险恶之苦海，故成其为大悲药师。但独悲不能成事，须藉琉璃光之无分别妙智，方可成满因中不思议之本愿，而发生不思议之德用。由不思议之大悲，起无分别之妙智，由无分别之妙智，成不思议之大悲，则药师琉璃光之义彰矣。此以药师与琉璃光为并列之悲与智，即六和[合]释中之相违释;若药师之琉璃光，即依主释;若药师即琉璃光，亦持业释。
2.药师琉璃光如来 药师琉璃光如来者，药师琉璃光，为此佛别名;如来，为诸佛之通号。其能有被称为如来之资格者，皆已五住究尽，二死永亡，位登妙觉极果，化被九界群机者。而此药师琉璃光，放诸佛自觉觉他之本领，应具尽具，故亦称为如来。但药师琉璃光为别义，如来为通义，摄通就别，依别名通，故今言药师琉璃光之如来，乃依主释也。
3.药师琉璃光如来之本愿功德 药师琉璃光如来之本愿功德者，正显此经乃说药师之本愿功德者;谓本因地中所发之誓愿而成果位之万德庄严，此亦为六和[合]中之依主释。故经中文句，可合可分，分则每一文句各自独立，以表其义;合则如线串珠，可贯穿摄持也。
4.药师琉璃光如来本愿功德之经 药师琉璃光如来本愿功德之经者，此以能诠之言教为经，所诠之义理，为药师琉璃光如来本愿功德。所诠义别，唯局此经;能诠教通，通于经律论三藏中之经藏;依别名通，依主释也。若从广义言之，一切诸佛之教理行果，皆名为经;故此所说药师佛之义理行果，亦即是经。如此、则药师琉璃光如来本愿功德即经，亦持业释，故曰：药师琉璃光如来本愿功德经。
三 稽译史
唐三藏法师玄奘奉诏译
此稽译史，即考此经译来之历史。佛经皆须考其译史者，明其来源，方可证信。中国之佛经皆出翻译，因佛降生于中天竺，当时以音声说法，原无经典，后经弟子结集，始有梵本文字。又印度文字，亦极复杂，而其古来最通用者，厥唯梵文，故中国经典，多译自梵文。但亦有其他文字，如南方之巴利文等。故中国之经典，有自梵文译来，有自巴利文译来;而大乘经典，多译自梵文。亦有从印度先传丘慈、于阗等国，而间接译来中国者，由梵语而成华言。但此经在中国曾经五译，今此流行本言唐三藏法师玄奘奉诏译，正为五译中之第四译。今略明五译之概史于下：
甲、晋帛尸梨密多罗译 在六朝之初，东晋之时，有西域三藏名帛尸梨密多罗者，此云“吉友”(善友之义)，初翻此经，名佛说灌顶拔除过罪生死得度经。但无独立本，乃附于佛说灌顶大神咒经中。此经古有十二卷，今在清藏合订六卷，而属于最后一卷。此帛尸梨密多罗三藏，为中国密宗经典初翻之人。普通谓密典至唐善无畏、金刚智、不空等时始有，其实唐前已有;如大灌顶神咒经、大孔雀王经等，皆属密部。又谓唐前为杂密，言其未成系统，但此为唐人言论;其实、东晋吉友等翻大灌顶等经，亦为中国密典之丛书;而此师为中国唐前之极重密宗者，亦见其所从来之西域，其时密部已极流行，故翻译时，将此药师经，亦摄入大灌顶神咒经之最后品。故此大灌顶经，亦犹大宝积经之糅集多经而成，在此师译附于大灌顶经观之，固视为密宗之经典也。
乙、宋慧简译 此在东晋后，南北朝之刘宋孝武帝时代，有慧简法师，在鹿野寺再翻此经。名药师琉璃光经。今藏经中已佚此本，但古大藏目录中，尚载其名。又在达磨笈多第三译之序文上，亦叙述其事，故信有此译也。
丙、隋达磨笈多译 在六朝之末，隋文帝大业十一年时，达磨笈多复翻此经。达磨译法，笈多译行，即法行三藏所译。法行为主译，尚有余人为助译，故其经上表法行等译。名佛说药师如来本愿经。序因慧简之译，于梵文、华文未善，故作第三译云。
丁、唐玄奘译 今本题唐三藏法师玄奘奉诏译，即此第四译是。玄奘三藏于唐太宗贞观初年间，因感经典义理残舛，发愿入印求法，所谓策杖西游，周历诸国。居印度十七年，遍学大小乘教典。至贞观二十年外，重回中原，从事译经。在中国译经史上，翻译最多，亦最正确。今此药师琉璃光如来本愿功德经，即其所译。玄奘其名，三藏法师乃所称之德号;以其能通彻经律论三藏之法，依此为师，且能将三藏法广为宣扬为人天之师，故名三藏法师。其译经历唐太宗、唐高宗两朝。奉诏译者，即奉太宗或高宗之诏，建立译场。其翻译时，有度语者，笔受者，证义者，润文者多人，而以唐三藏为主，故标以斯名耳。
戊、唐义净译 自唐太宗后，经过唐高宗，至武则天朝，约在玄奘三藏后二三十年间，有义净法师者，踵法显之芳躅，慕玄奘之高风，遍游印度，归而复译此经，名曰药师琉璃光七佛本愿功德经。然玄奘既译此经，义净何须再译?其所以重译者，药师佛虽与奘译相同。而余六佛，则为奘译所无，故须重译。其译本今在藏中，上下两卷，七佛本事，备述其中。
总观其全文，初亦由曼殊室利菩萨，请佛说诸佛名号本愿功德，释迦佛乃告曼殊室利：东方去此，过四殑伽河沙佛土，有世界名曰无胜，佛号善名称吉祥王如来，彼佛国土，清净庄严，乃至初发心时，发八大愿等;此为第一大段之文。
复告曼殊室利：东方去此，过五殑伽河沙佛土，有世界名妙宝，佛号宝月智严光音自在王如来，乃至彼佛初发心行菩萨道时，亦发八大愿等;此为第二大段之文。
复告曼殊：东方去此，过六殑伽河沙佛土，有世界名圆满香积，佛号金色宝光妙行成就如来，乃至彼佛初发心时，发四大愿，及见众生苦恼，为除业障，即说神咒等;此为第三大段之文。
复告曼殊：从此东去，过七殑伽河沙佛土，有世界名无忧，佛号无忧最胜吉祥如来，乃至彼佛世尊，行菩萨道时，发四大愿等;此为第四大段之文。
复告曼殊：从此东去，过八殑伽河沙佛土，有世界名法幢，佛号法海雷音如来，乃至彼佛行菩萨道时，发四大愿等;此为第五大段之文。
复告曼殊：东方去此，过九殑伽河沙佛土，有世界名善住宝海，佛号法海胜慧游戏神通如来，乃至彼佛行菩萨道时，亦发四大愿等;此为第六大段之文。以上六佛，初二佛各发八愿;后四佛，各发四愿;此总为卷上之文。
其卷下之文，即从此娑婆东去，过十殑伽河沙佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，从初发心，即发十二大愿，且有咒语，皆与今本相同;惟药师佛说咒后之经文，较今本稍异。今本咒后之文，明闻药师佛名所获之利益，而彼则皆明闻七佛名号之利益，此其不同一也。又彼于药叉神将，闻七佛名号已，发愿卫护是法。时诸天人之众，有疑惑不信者，佛知彼等心念，即入惊召一切如来甚深妙定，十方世界六种震动，七佛应召来会证盟其事，为今本所无，此其不同二也。复次、七佛既来，即异口同声，说大神咒，其咒名如来定力琉璃光，亦为今本所无，此其不同三也。其后、执金刚菩萨，与释梵四天，复说一咒，亦为今本所无，此其不同四也。最后执金刚菩萨复说一咒，又为今本所无，此其不同五也。是故彼经共有五咒：即初、香积佛说除业障咒;二、药师佛说消灾咒;三、七佛说咒;四、执金刚与释梵四天说咒;五、执金刚说咒是也。
今大清龙藏中，尚有番字药师七佛本愿功德经，考其文义，与义净所译相同。昔人认作梵文，实为西藏文本，此谙藏文者，一见即知也。此西藏番字本，亦译自印度梵文，故与义净之译相同，今存藏中，即在净译之下。今听讲所用民国十一年之宁波版本，其说咒语，与旧本不同者，即自番本中录出。以其误认番本为梵文，故抄录之，然实非梵文也。如以“簿伽筏帝”为“八葛瓦帝”等，与西藏音相近，是其明证。又奘译无咒，其咒乃自净译中添入，而义净译自梵文，故知今所诵之咒，乃唐译梵音。
如上所言五译之同异，其药师佛之文旨大同，而与七佛详略差别。又中三译无咒，前后二译有咒，复加西藏之番字本;此为本经译传中国之略史。由是观之，初帛尸梨密多罗所译有咒，且属大灌顶经之一品，则此经属于密部。自第二、第三、第四，三译观之，既无咒语，复无说咒之文，则此经即近于净土经典。迄至义净之译，前后五咒，则此经又属密部无疑矣。由此五译之相异，亦可窥见佛教流行变迁史之一斑。盖帛尸梨密多罗来自西域，想其时西域密教已甚盛矣，而在印度、中国则未极流行。以宋、隋及唐玄奘时，印度中国皆大乘性相，法幢高建，故其译此近净土经也。及义净时，印度密教复盛，故其译时多添咒语，则此复属密部焉。此在佛经翻译史上，佛教因各处地域之异，各时趋势之别，亦随之而变易，然吾人亦正由是而可知佛教变迁之历史与情势矣。
由上说来，知今诵讲之流通版本，非全出玄奘所译，其咒乃从义净译本增入;即文句亦间参揉净译，故今本可说奘净二译之合订本。且民十一年之宁波版本，尚误刊“厌”、“魔”等数字，及在观世音菩萨等名上，增添南无二字，较诸旧流通本，不无出入。此乃总稽本经译史之概要也。
四 提网要
未讲经文之义，先提纲要者，如网得纲万目皆彰，如衣提领全襟齐直。闻者能握得此宗要，则全经文义，自可了然。通常解释经题，如天台之五重玄义，贤首之十重玄谈等，今在此经之释名题，考译史，提纲要亦可摄之。盖隋唐前诸德开讲玄要，本无固定的呆板方式，亦不斤斤乎五重或十重。其讲解时，每就各经之所宜，悬谈大义，今提纲要等，亦与其理相合也。此经之总纲，可作两大段观：一、智示药师依正行果，二、悲济像法转时有情。
甲 智示药师依正行果
此经之纲宗，可由曼殊与佛之问答中显示。如金刚经须菩提问佛：“云何应住?云何降伏其心”?由此两大问题，引起佛之解答，已将金刚经纲宗，昭然如揭。本经云：“尔时曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵曲躬合掌，白言：“世尊!惟愿演如是相类，诸佛名号，及本大愿，殊胜功德”。此以曼殊之大智上求佛道，故作此问。由此问故，佛说药师佛之名号国土，及其本因地中行菩萨道时所发十二大愿，与夫果德圆成之依正庄严。此一大段文义，为本经上半部之纲要，亦即“药师琉璃光如来本愿功德”之所由立名也。
乙 悲济像法转时有情
曼殊之问，含有二义，初以大智感佛说药师本愿行果功德。次曰：“令诸闻者，业障消除，为欲利益像法转时诸有情故”。此由曼殊之大悲下济有情，故发斯问，感佛说药师本愿功德，使诸问者得大囧琺益，拔除业障，消灾安乐。此皆由曼殊之大悲心所驱使而发问，故佛赞许言：“曼殊室利!汝以大悲，劝请我说诸佛名号本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐，像法转时诸有情故”。故此一大段文，为曼殊大悲恩济像法转时之有情，为本经下半部之纲要。但此大段文中，又可分为两段：一、拔除一切业障，二、十二神将饶益有情。
1 拔除一切业障
(1)如来加被 此言闻说药师名号，本愿功德，依之修习，即可拔除一切业障，得大利益安乐，蒙佛加被，消灾延寿，故此经亦名拔除一切业障得度生死经。但此中亦可分二段言之：一、闻名灭罪往生，二、诵咒除病离苦。
闻名灭罪往生者，即诸愚痴无智众生，阙于信根，生造诸不善业，死招三途极恶之报，但由闻此药师名号本愿经故，使得灭罪往生。如云：“尔时、世尊复告曼殊室利童子言：有诸众生，不识善恶，惟怀贪吝，不知布施及施果报，愚痴无智，阙于信根，多聚财宝，勤加守护，见乞者来，其心不喜，设不获已而行施时，如割身肉，深生痛惜!复有无量悭贪有情，积聚资财，于其自身尚不受用，何况能与父母妻子奴婢作使，及来乞者?彼诸有情，从此命终，生饿鬼界，或傍生趣。由昔人间，曾得暂闻药师琉璃光如来名故，今在恶趣，暂得忆念彼如来名，即于念时从彼处没，还生人中”。此等经文，皆明由闻名灭罪，并得转生善道或往生净土者。
诵咒除病离苦者，上言闻名故蒙佛加被，拔除业障，得生善处。今明若能念诵药师真言，即可消除病苦，延年益寿。如言：“曼殊师利!若见男子女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食，或药，或无虫水。咒一百遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，志心念诵，皆得如是，无病延年。命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提”。此言于此真言若自诵，若教人诵，皆得消灾获福者也。
(2)有情奉持 此言若人信受奉行诵读此经，即得获福免难与救命延寿之二种功德。
获福免难者，若能依教修行，受持此经，即于现实人生，获福免难。如云：“复应念彼如来本愿功德，读诵此经，思惟其义，演说开示，随所乐求一切皆遂：求长寿得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求男女得男女”。此言读诵此经故，即于现生遂愿所求，获大福利。又云：“或有水、火、刀、毒、悬险，恶象、狮子、虎、狼、熊、罴、毒蛇、恶蝎，蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等怖，若能至心忆念彼佛，恭敬供养，一切怖畏皆得解脱”。如是等文，皆言持诵此经，即得免除种种患难也。
救命廷寿者，上为佛说消灾周。此乃救脱延寿周。救脱菩萨为利有情故，示现种种延寿之法，使诸有情寿命相续。如救脱菩萨答阿难言：“大德!若有病人，欲脱病苦，当为其人，七日七夜受持八分斋戒，应以饮食及余资具，随方所办，供养苾丘僧，昼夜六时礼拜行道，供养彼世尊药师琉璃光如来，读诵此经四十九遍，燃四十九灯。造彼如来形像七躯，一一像前各置七灯，一一灯量大如车轮，乃至四十九日，光明不绝。造五色彩旛，长四十九杰手，应放杂类众生，至四十九日，可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持”。此为救身病以延身命者;复有救国难以延身命，及救诸难以延诸命等文，皆救命延寿之法也。
2 十二神将饶益有情
此即药叉誓护周。十二药叉神将，因闻佛说此经功德，即发愿于后末世，拥护此经，利乐有情。所谓：“我等今者，蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利饶益安乐”。是故此经，亦名十二神将饶益有情经，不无所以也。以法临像季，道高一尺，魔高一丈，行者因魔障故，唐捐其功;故先以曼殊之智悲感佛说法，复得药叉神将拥护是法，诚难事也。昔之讲者，往往将十二神将之文判入流通，实则应归正宗：盖像法转时，荷负是法甚仗药叉神将，饶益有情;况释尊定此经亦名十二药叉神将饶益有情，理宜归属正宗分也。上来所言两大段文，由曼殊之大智，示药师佛之依正行果;复由曼殊之大悲，济渡像法有情;而此悲济像法转时有情文中，复分拔除一切业障与神将饶益有情二段，则此全经之总纲彰矣。
前来释名题，稽译史，提纲要之三科，可为经前之玄谈，但尤重于提纲要。盖提其纲要，则全经段落章句，昭然分晓矣。且菩萨之法，不外上求无上菩提，下济有情诸苦，故遍一切大乘经旨，亦可于此曼殊之问而显之也。
又如菩萨造论，意在自利利他，故经论中言其缘起时，皆曰“为正法住世，利乐有情故”。所谓正法，即诸佛菩萨因中所发之誓愿，藉此修行而得证佛果依正庄严;亦使闻者依此修持而得佛果者是。如此经所明药师因果功德，吾人依此修行，亦可同证。又菩萨不同凡夫自私自利，其一举一动，一言一行，皆以利乐有情为前提，普为众生，方是菩萨发心。故菩萨之行位愈高，其悲愿愈切，末世众生愈苦恼，则菩萨愈显其悲济之能事也。通常所谓“好医门前病人多”，菩萨亦复如是，病苦之众生愈多，愈为其深切悲愿之所关也。复次、像法多魔，不特出世善法不易建立，即世间善法，亦受邪魔外道袭击与觊觎而欲毁灭之。故此经实由诸佛菩萨之悲愿，与夫药叉神将之护持，得以建立世出世间善法于今日，使众生依而修持。自其属净典观之，则为随愿往生修行不退于琉璃净土;自其属密典观之，则可拔除业障消灾延寿于娑婆当人，故此经乃兼具净土、真言、无量法门之功德者矣!
释 经
甲一 叙请分
乙一 叙述证信
丙一 闻时主处
如是我闻：一时薄伽梵，游化诸国，至广严城，住乐音树下。
入文解释，须分段落，方显文义。中国自晋道安法师已来，皆以序、正、流通三科，诠释经文，妙能契合天竺菩萨释经之方式，故千百年来胥依循之。虽三科大旨相同，而名称不妨随宜而异;故今解此经，亦分叙请、正说、流通三分。自如是我闻下，为叙请分;自尔时佛告曼殊室利东方去此下，为正说文;自尔时阿难白佛言世尊当何名此法门下，为流通分。叙请文中，又分通叙与别叙;通叙为证信叙，别叙为缘起叙。今此即证信之叙，此证信叙，古来解释二家不同：一、出龙树大智度论，明六成就：如是、为信成就;我闻、为闻成就;一时、为时成就;薄伽梵、为法主成就;广严城、为住处成就;至下与大苾丘众等为听众成就。佛经有此六种成就，方可崇信。二、出亲光 佛地经论明五种证信，其言如是为指法之词，乃通指此经而言，如言如是之法，为我结集者所亲闻。
或如是之法，为当时佛在某处所说，而有法会大众之所共听。叙以证信，乃具五重：即一、如是我闻，为亲闻证亲信;二、一时、为说时证信;三、薄伽梵、为说主证信;四、广严城、为说处证信;五、与大比丘众等，为听众证信。此二解，虽稍有出入，然其理亦大致相同。今依五重证信讲之。
“如是”二字，集古德之解，有十七种，或二十一种之多。于中亦可作如此说：如者，维摩所谓：“一切法皆如也”。诸法缘生无性，当体如如，见此如如真理者为是，不见即不是，故曰如是。又佛说法，契理契机，契理即真为如，契机所宜为是。今解、结集者言：如是之经，为我亲闻，非辗转由他而闻，更非由外道天魔等而闻，乃依佛宣扬，为我亲闻。
此言我者，似与佛法常言无我、无人、无众生、无寿者之理相违，其实不然。以佛法言人法无我，乃无凡夫外道迷执之我，非无假名之我。凡夫众生上自天人，下至鬼畜，皆有俱生我执，恒执此五蕴业报之身为自我。而凡夫中之外道者，更于五蕴身上妄起计度分别我执：或计色为我，如言色大我小，我在色中;或色小我大，色在我中;或计受为我，或计想为我，或计行为我，或计识为我。如是等执，过患无量，故佛经说五蕴无我，即破此凡外妄计之我。金刚经云：“无我相，无人相，无众生相，无寿者相，无法相，亦无非法相”;此之谓也。但五蕴法虽无实我，亦不妨以我为五蕴和合假相之代名词，随俗称谓藉以辨别宾主，以便彼此呼应。如育王寺之名，本无固定之物，乃是由数百亩之山地，数百余之住众，及千百年来之仪轨等，众缘凑合而成之假相而已。故泛常亦称五蕴和合之假相为我，原无实体。今此言我，乃当时结集此经者，对法会大众之自称。但其与凡夫之称我不同，乃为无我之假名我，以内无凡外妄计之执故。金刚经所谓“如来说我者，即非是我，是名为我”;故此无我之我，纯为对机而称。又有深义者，此无我之我，乃诸法无我理所显之真如实性，此中无自他彼此相，无好恶是非相。结集此经之菩萨，深达此诸法空性而假呼我名耳。
闻者，依字义解，如平常言眼见耳闻等，则为耳根所闻。其实、耳根不能闻，闻者属耳识，不过以根为增上缘，声为所缘缘，识种为亲因缘，三缘和合，方能发识以闻。但耳识闻声时，无文义相，须待同时意识生起，方有文义相现，以成了别音义之用。故此闻之成就，操诸意识。是则由耳根发耳识，由耳识闻声音，由意识了别音义也。但既由根、尘、识三和合而闻，何不言耳等闻，而言我闻耶?然曰耳闻，则通诸耳，不能表现结集菩萨之亲闻;菩萨为举亲闻证信，故云我闻也。
一时者，即举佛说法之时以证信。其不指出某年某月某日某时者，因世界地域不同，年月日时随之而异，故不固定说为某时。如今地球上各国所用之历本，纪载时间，各各相异。即以中国言之，有阴历，有阳历，阴历之初一，非阳历之初一，阳历亦然。又如印度以初一至十五为白月，十六至三十为黑月，而以黑月之十六为初一，亦与中国适得其反。又佛说法，时而天上，时而人间，随众生之知解所见各异，放诸经中，皆不说定其时。今此所指之一时，即佛说此经结集菩萨与法众共听之时也。
