我们的菩提自性是非常清净无染的，就像琉璃一样，内外明澈。经过百千万劫的污染蒙蔽，琉璃布满了灰尘，它不再玲珑剔透，向外看是一片黑暗，向内看也是一片黑暗。我们看不到自性了，就像在一片浓雾中跌跌撞撞前行，浑浑噩噩在六道轮转，找不到解脱的出口。多少人都不知道生从何来，死往何去。他根本不知道今生的烦恼和痛苦，来生还要继续，就这样，烦恼和痛苦伴随着我们在六道里不停打滚，越积越厚，然后就变成了业障。因为业障，我们还要再次经历烦恼和痛苦，没有出期。
佛陀慈悲向我们宣讲了这部《药师琉璃光如来本愿功德经》，希望我们能够按此修习，用药师佛那不可思议愿行的圣水，洗去这琉璃上的阴霾和灰尘，用他无以伦比的智慧之光，冲破黑暗，让你看到你的自性是那么清净无染，让你最终得到解脱。
药师法门是心法，佛法的万千法门也都是心法，基本核心是一样的，只是形式略有不同。所谓法门，只是针对不同根基、不同环境的众生所设，如在中国，佛教就有禅宗、律宗、净土等之分。但万法一心，所有的经书都是在讲这一个东西，这就是慧能大师不识文字却能通晓很多经义，如法华经讲的是什么，金刚经讲的是什么。所以你如果不懂这个核心的话呢，你看经就很难看懂，就会容易被表面的经义所障碍，所误解。
《药师经》的核心是什么?他的核心其实就是立大愿、正自心、寻自性。你看人们所遭遇的灾难病苦祸患，大部分是因为人的心不够正。像《药师经》里所讲，有一些吝啬而贪得无厌的人，死后落入地狱了，但是药师佛以他的神力加持把他找回来了，其实找回的是什么呢?找回的是自性，找回的是本心，这其实就是由迷到悟的过程。
药师法门是一个非常无上圆满的成佛法门。他让你在成佛的过程中不用遭受到世间种种的苦，比如饥饿病痛，甚至魔扰，而且给你提供优越的物质生活方便你修行。就是到最后你特别不争气了，落入三恶道了，他还能通过往昔你学习药师法门种下的善根，从三恶道里给你超拔出来，让你重新修习佛法，就这样一路护送你，直到你证得菩提，最终成佛。末法时期众生病的最厉害的地方是什么?是缺少智慧。而药师法门就是一个为我们开启智慧的法门，同时给你留下一个永远不磨灭的善根火种。
以上就是药师经的意思了，其实我们想要知道药师经讲述的道理的话，我们就要自己去思考经文的含义，这样我们才能够知道经文讲述的道理，才能够让我们体会到药师经的作用，让我们更好的去生活的。以上只是作者对文章的一些理解，如果有不正确的地方还望海涵。
